特别没收程序其独特的制度设计与被追诉人财产权保护之间的碰撞引发了学界对经典理论的反思。贪污贿赂、恐怖活动等重大犯罪案件,犯罪嫌疑人、被告人逃匿,在通缉一年后不能到案,或者犯罪嫌疑人、被告人死亡的,检察院可以向法院提出没收违法所得的申请,由法院做出裁定对违法所得和犯罪工具进行没收,显然,被追诉人的财产是在未经过实体法定罪的情况下被没收的。这在理论上违背了无罪推定原则与参与原则。同时在实务中,被追诉人不到庭带来了违法所得难以认定的问题,在违法所得和合法财产界限不明的情况下,也难以确定财产权保护范围。这一系列问题都在拷问着被追诉人财产权保护的制度设计。本文在梳理财产权的起源和发展之后对财产权基础理论进行比较选择,在此基础上论证了职务犯罪中被追诉人财产的复杂性,并阐述了被追诉人财产权保护的程序性原则。文章通过对被追诉人财产权保护理论困境和现状的评析引出了我国被追诉人财产权保护制度的种种缺失。因此在阐释如何完善保护制度时,本文着力在特别没收程序正当性的论证上,以期回应理论争议,正当性论证同时也是被追诉人财产权保护的理论基础。最后笔者建议引入官员财产申报制度以明确被追诉人财产权保护界限,并针对特别没收程序本身关于财产权保护的框架设计提出完善意见。