书院,是中国古代特有的一种教育组织形式,它既是古代的学术基地,又是一种特殊的教育机构,其性质介于私学与官学之间。这样特殊性质的机构,如何做到既能争得政府的支持,又能自由的进行学术的研究,便成为摆在书院面前的一个亟待解决的问题。本论文在阅读、分析大量资料的基础上,对书院产生背景、宗旨、办学方式及实质进行了简单的阐述,从朝廷颁赐、士绅捐助和自主经营等方面分析了其经费来源,从教化、教学和维修三个方面对经费分配进行分析,继而从规章制度、监督体系、专人理管等方面对经费管理进行阐述。作为我国公办高校有益补充的民办高校虽然有效的满足了不同层次教育的需求,但也存在着一定的经济困境,如经费来源单一、资金短缺、师资不稳、社会捐助少等等,经费的监管也不容乐观,资金使用与分配不当、管理不严等等,严重影响了民办大学的发展;最后笔者论述了书院对我国当前民办高校的启示,指出书院属于民办大学的办学层次,但民办高校并不等同于书院,而且由于办学动机和教育质量等方面的影响,民办高校的社会认可度并不高,继而提出民办高校要继续发展就必须端正办学动机,加强对社会的贡献,并从政策法规上支持和保障社会捐助,以更好的发展我国的民办高校。