可持续发展作为一种发展观已经成为共识，农业可持续发展是可持续发展战略的重要组成部分，对国民经济和社会的可持续发展具有重要作用。可持续发展能力的提升是实现区域农业可持续发展的前提，新疆农业可持续发展能力的提高是新疆经济、社会全面发展的重要基础。本文首先介绍了农业可持续发展的相关理论，从产业结构的角度分析了新疆农业发展现状，并且构建了以人口、资源、环境、经济、社会为子系统的新疆农业可持续发展能力评价指标体系，利用MATLAB软件和Excel软件，通过层次分析法（AHP）对新疆农业可持续发展能力进行评价。在评价体系基础上分析新疆农业在发展中存在问题的成因。在此基础上，结合新疆实际，提出新疆农业可持续发展的对策和建议：大力发展节水农业；科技兴农；调整农业内部产业结构；完善农业土地制度；大力发展农村经济组织；完善农村金融体系；建立完善的农业服务体系。最后，本文对新疆的农业可持续发展进行了展望。