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近年来鸡传染性支气管炎在很多国家普遍流行,已成为危害世界养鸡业的重要疫病之一。传染性支气管炎疫苗在传染性支气管炎的防制过程中起着重要的作用。但是该病在免疫鸡群中时有发生,具体发病机制还不明确。本研究根据GenBank上公布的IBV基因组序列,经比较后设计了29条引物,用RT-PCR方法对鸡传染性支气管炎病毒地方分离株CK/CH/LSD/05I的全基因组进行了分段扩增、克隆和序列测定。测序结果表明:CK/CH/LSD/05I毒株基因组序列全长27638bp,A+T的含量为61.78%,具有典型的冠状病毒基因组结构。基因内碱基的插入和缺失主要分布在1位、2890~3450位、20410~20770位、23900~25500位和27110~27350位。与GenBank上公布的8株IBV基因组序列Beaudette、Mass41、Cal99、BJ、KQ6、GD/S14/2003、SAIBK、LX4的同源性分别为88.7%、88.7%、89.5%、86.1%、88.6%、86.9%、88.5%和86.9%,CK/CH/LSD/05I株基因组不同区域的同源性分析结果表明,3′UTR和5′UTR是基因组中最为保守的区域,而S基因是基因组中变异最大的区域,同源性在66.8%~83.7%。系统发育进化分析结果表明CK/CH/LSD/05I株单独划分为一个分支。通过S1基因比较、系统发育进化分析、BLAST搜寻和动物试验研究发现,CK/CH/LSD/05I是一株新型变异毒株。动物感染试验表明,CK/CH/LSD/05I感染鸡的肾脏病变不明显,仅有20%的感染鸡肾脏病毒分离呈阳性,但100%感染鸡呼吸道病毒分离阳性,表明该病毒不是中国普遍流行的“肾型”毒株,而其对呼吸道具有强的嗜性。同时,试验应用弱毒疫苗H120和本实验室鸡胚传代致弱的3株异种毒株进行了动物保护试验,结果显示用CK/CH/LSD/05I攻毒后,这4株异种传染性支气管炎病毒的免疫对试验鸡群气管的保护率很低。初步提示该毒株可能属新的血清型病毒。本研究丰富了冠状病毒的生物信息数据库,为进一步从分子水平研究IBV的致病机理、变异机制等奠定了基础;同时动物试验评价不同弱毒疫苗对CK/CH/LSD/05I的保护性,为免疫鸡群感染传染性支气管炎病毒提供了理论依据,为鸡传染性支气管炎的防控提供了新思路。