本研究采用了微卫星,PCR-SSCP,PCR-RFLP,序列分析等方法对100 只南江黄羊和30 只辽宁绒山羊的遗传多态性进行了标记研究,找到了与南江黄羊产羔数的相关标记,为南江黄羊的高繁品系的培育提供了DNA 水平的理论依据。本研究取得了以下结果:　(1)9 个微卫星位点在2 个品种得到了特异性扩增结果,检测到了57 个等位基因,平均每个位点6.3 个,最多8 个,最少为5 个;各位点平均多态信息含量达0.7 以上;2 个品种基因杂和度变化范围0.7344-0.8360。由DNA 水平说明南江黄羊具有丰富的遗传多样性,杂合度较高,进一步进行本品种选育的空间大。　(2)7个微卫星位点检测到13个与产羔数显著正效应的标记:OarAE101(109bp),BM1329(178bp),　LSCV043(142bp,118bp),OarHH35(124bp,146　bp,104　bp,118　bp),TGLA68(117bp,133bp,　127bp),OarHH55(133bp,119bp);8个与产羔数显著负效应的标记:OarAE101(113bp),BM1329(210bp),LSCV043(136),OarHH35(108bp,114bp),TGLA68(103bp,123bp),OarHH55(151bp)。　(3)GDF-9exon1检测发现2个品种均存在三种基因型,辽宁绒山羊AA型频率为47%,南江黄羊BB型频率为38%,南江黄羊的AB型频率为49%。南江黄羊GDF-9基因座上等位基因B的基因频率为63%,辽宁绒山羊上等位基因A的基因频率为62%。在LHB基因检测中,南江黄羊A、B等位基因的分布较均匀,分别为46%和54%。辽宁绒山羊的等位基因A型为60%。　(4)LHB基因座上,BB　基因型所对应的产羔数最小二乘平均值显著高于AA型、AB型　(P<0.05)。　GDF-9的BB基因型所对应的产羔数最小二乘平均值最高、AA型对应的产羔数最小二乘平均值最低,且这三种基因型之间差异均显著(P<0.05)。从而得出LHB和GDF-9基因座上等位基因B与产羔数有很强的正效应,　A基因与产羔数存在负效应。　(5)GDF-9基因测序发现了一个点突变A→C,LHB基因测序也发现了一个点突变T→C,但均未导致氨基酸序列变化。