玉米（Zea mays L.）是世界上最重要的农作物之一,与水稻、小麦等其它作物相比,其不仅有食用功能,而且兼具化工原料、能源和饲用等功能,因此保障玉米增产稳产对保障我国粮食安全和人民生活水平的提升有着重要意义。随着中国种业市场的发展,玉米品种权保护与品种管理也日趋重要。在制种过程中,由于隔离不严、去雄不及时、去杂不彻底等原因,导致玉米杂交种纯度降低,因此迫切需要开发建立一套高通量和低成本的玉米杂交种纯度鉴定方法,以推动我国玉米生产行业健康发展;另外在目前的检测工作中,送检方经常由于品种保护及商业秘密等原因,不愿或无法提供真实亲本种子,因此也需要建立一套从F1代杂交种出发的获取其亲本DNA指纹信息的鉴定方法。本研究以玉米杂交种及其父母本为研究材料,利用InDel分子标记分别制定了应用于杂交种的新型双平台纯度检测流程,以及利用胚乳的双亲基因型拆分流程。研究的主要结果如下:1.基于北京市农林科学院玉米研究中心开发的20对InDel分子标记获得玉米杂交种及其父母本的指纹数据。筛选出双亲互补型的位点并在KASP平台对人工创建的纯度样品进行纯度鉴定结果表明,分型统计结果与预期一致,证明基于InDel标记结合荧光毛细管平台及KASP平台,可成功进行玉米杂交种的纯度鉴定。2.基于玉米胚乳中母本和父本DNA存在2:1的剂量关系,利用20个InDel分子标记在荧光毛细管电泳平台上进行了亲子鉴定,得到玉米杂交种三联体指纹数据,分别利用8个玉米杂交种单株的胚及胚乳DNA得到在杂和位点上每个基因型的峰面积及每个胚和胚乳的等位基因扩增比。发现胚及胚乳之间的等位基因扩增比具有显著差异,通过拆分最终得到玉米杂交种三联体的指纹数据;并通过与杂交种双亲的指纹进行比对验证了利用胚乳拆分双亲基因型流程的正确性。