干旱胁迫下獐茅SSH文库的构建及耐旱相关基因的筛选

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干旱是主要的非生物胁迫因素之一,严重限制植物的生长和产量。随着全球水资源短缺的加剧,简单的节水灌溉,提高水的利用率,已经无法应对干旱给人类发展带来的严峻挑战。近年来越来越多的专家将目光移到基因工程育种上,基因工程育种的关键在于耐旱基因的挖掘。獐茅是一种多年生单子叶禾本科牧草,具有较高的耐盐耐旱性,是耐盐耐旱基因挖掘的良好材料。本实验以獐茅为研究对象,构建了干旱胁迫下獐茅抑制性消减杂交(SuppressionSubtractiveHybridization,SSH)双向文库,期望从中挖掘大量耐旱相关基因。实验中以苛扣浇水的方法从轻、中和重3个程度上模拟干旱胁迫。通过测定叶片相对含水量(RelativeWaterContent,RWC)和土壤水分含量(SoilMoistureContent,SMC)来区分植物受干旱胁迫的程度。最终用实时定量(real-timequantitativeRT-PCR,qPCR)的方法验证文库构建的可靠性,并发掘耐旱基因。主要研究结果如下:  1)以整株獐茅为研究对象,用苛扣浇水的方法控制獐茅的受早程度。确定了獐茅轻度干旱胁迫时间为5d,判定标准为15%≤SMC<25%,80%≤RWC<85%;中度干旱胁迫时间为11d,判断标准为10%≤SMC<15%,70%≤RWC<80%;重度干旱胁迫时间为13d,判断标准为5%≤SMC<10%,60%≤RWC<70%。  2)构建了SSH双向文库,正向文库和反向文库的容量分别为2700条和2200条。随机挑选1288个单克隆(正库646个,反库642个)进行测序,最终获得1222条高品质序列,高品质序列经过比对拼接形成724条Unigenes,其中有607条为单基因(singletons)117条为重叠群基因(contigs)。  3)分别用BLASTnt、BLASTnr、SWISSPORT、COG和KEGG数据库对724条Unigenes基因进行功能注释和聚类,最终有489条(67.54%)与已知功能基因具有较高的同源性,173条(23.90%)与功能未知的基因同源,62条(8.56%)是新基因。同时,功能注释结果中也发现了很多响应干旱的基因,包括转录因子、钙调素蛋白、离子转运相关蛋白、热激蛋白和泛素相关蛋白等。  4)用qPCR的方法对SSH文库进行可靠性验证。随机挑选8条基因(正库和反库各4条)进行表达量分析,分析结果表明多数基因表达趋势符合预期,文库构建成功。之后,又用qPCR的方法对多个基因进行了表达模式的分析。发现正库中多数基因在受到干旱胁迫时表达变化量超过1倍,其中新基因F-61的表达量在干旱胁迫下可达到对照组的4.36倍,值得深入研究。
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