种质是甘蔗杂交育种的基础和保障,对甘蔗种质资源遗传多样性进行研究,可为甘蔗标记辅助育种提供基础数据。同时进行甘蔗种质农艺性状与品质方面的研究,为甘蔗育种提供数据支撑。本研究利用RAPD与SSR两种标记方法对供试材料进行研究,主要研究结果如下：(1)自我国的广西、广东、福建和台湾以及来自美国的6个系列的48份甘蔗种质：其中19对SSR引物共扩增出87条带,多态性带为84条,多态性比例为96.55%,扩增出的条带数范围为2～8条,平均每对引物扩增出4.58条带,引物的PIC值范围为0.34～0.93,平均0.64。21条RAPD引物共扩增出184条带,扩增条带数范围为3～16,平均每条引物扩增8.76条带,其中多态性带为184,多态性比例为100%,引物PIC范围为0.53～0.97,平均0.86。结果表明,两种分子标记都能较好的评估甘蔗品种的遗传多样性。对SSR结果进行聚类结果,以遗传相似系数0.70,将48份甘蔗材料分为三类,第一类有6个新台糖(ROC)品种,第二大类有3个新台糖品种、7个桂糖品种、8个崖城品种、10个福农品种、5个美国品种、5个粤糖品种。第三类有两个新台糖和两个桂糖品种。对RAPD结果进行聚类(3-2),以遗传相似系数0.70,同样将48份甘蔗材料分为三类,第一类有4个新台糖品种,第二大类有7个新台糖品种、9个桂糖品种、4个崖城品种。第三类4个崖城品种、10个福农品种、5个美国品种、5个粤糖品种。(2)92份甘蔗种质材料的RAPD分析：50个RAPD引物对92份供试甘蔗种质个体的DNA样品进行了PCR扩增,共扩增出547条带谱,平均每个引物扩增出10.9条带,其中多态性的条带为530,多态性比例为96.9%。根据聚类结果,可将92份甘蔗材料分为两大类,每大类分为两个亚类,根据RADP扩增结果,计算92个甘蔗供试材料之间的相似系数。结果表明：遗传相似系数为0.72-0.92,其中TD8和TD4两个材料之间的遗传相似性系数最高,其值为0.92,且绝大多数品种间的相似系数大于0.7。(3)美国引进甘蔗种质资源与国内栽培品种比较分析：用25条RAPD引物和8对SSR引物对28份甘蔗供试品种进行扩增。25条RAPD引物扩增出条带数为132条,每个引物平均扩增条带数为5.28条,其中多态性条带102条,多态性比例为77.3%。8对SSR引物共扩增出的条带数为56条,每个引物平均扩增7条,其中多态性条带48条,多态性条带比例为85.7%。表明引进的甘蔗品种具有丰富的多态性,GUC33多态性最高。根据RAPD的聚类图可知,将28份甘蔗供试材料分为两大类。第一大类只有福农39个材料。第二大类包括来自美国及中国不同地区的17份甘蔗材料,其中第二类中,来自美国材料之间的遗传相似性更为接近,如GUC1和GUC2、、UC21和GUC23。根据SSR聚类图可知将供试材料分为两类,第一类包括来自美国及中国不同地区的26份甘蔗材料,第二类只有两个来自美国的甘蔗材料。第一大类中自美国材料之间的遗传相似性更为接近,如GUC1和GUC2、UC21和GUC23,和RAPD结果是一致的,其中GUC34与CP84-1198具有很高的遗传相似系数,这两份材料可能一定的血缘关系。(4)美国引进种质农艺性状与品质方面的研究表明：GUC31单位面积有效茎数最多,且属于中茎、单茎重最高,具有高产潜力,且便于机械收割。