系统工程已发展到体系工程和复杂巨系统工程阶段，在各个领域的实践也取得了巨大成就。然而从学科发展角度来看，存在学科体系尤其是理论体系不够独立，过于依赖系统科学，系统思维和工程思维不平衡，学科边界尤其是应用边界不明等问题，不能满足实际需求。一方面由于系统工程在我国最初被作为一门组织管理工程技术提出，钱学森等是从系统工程走向系统科学，进而构建系统学和整个学科“三个层次和一个桥梁”的体系架构，更加注重系统科学的理论研究，仅把系统工程视为这个体系中的工程技术部分，且对工程和技术未做明确区分;另一方面，当前系统科学研究重点转向复杂性科学，系统工程研究重点转向社会系统工程，面临着复杂社会系统的各种挑战。复杂巨系统概念和综合集成体系的提出，使得综合集成方法等先于一般性的系统规律和系统理论出现，系统工程并未与系统科学同步发展，也不是系统科学规律的简单应用。　　基于上述分析，本论文从整个学科科学发展的宏观层面入手，考虑学科的哲学预设、学科思维、学科内涵、学科体系等一系列问题，从学科学的视角出发，构建系统工程学科学——理论系统工程。理论系统工程采用学科史学、学科动力学、学科结构学等多种方法，重点研究系统工程学科的定义、分类、结构、动力、流派、组织、管理和预测等一般规律。　　本文在阐明“理论系统工程”概念的内涵和外延的基础上，指出理论系统工程是从学科学层面研究系统工程学科的结果，论述了理论系统工程的范畴包括实体性范畴、过程性范畴和特征性范畴，其主要方法包括学科坐标分析法、学科战略分析法、学科崛起和迁移分析法、学科分支派生法和学科结构分析法等;分析了其哲学和学科定位，明确指出它和系统工程理论并不是同一概念;从发生学和解剖学两个层面论述了理论系统工程的思想基础、理论基础、技术基础和社会基础;并在理论系统工程视域下构建了系统工程学科体系，明确学科的哲学预设和思想基础、理论体系、技术和应用学科，论述其合理性和开放性，为从宏观上把握系统工程学科的发展规律做出探索。