农业系统是人们参与控制的自然与生物间物质和能量交换的主要载体，它在农业生产中具有生物、工程等科学技术间的相互非线性作用，从而形成以自然再生产和经济再生产有机结合及其与自然条件相互联系、相互协调的巨大有机整体(复杂系统)。本研究利用复杂系统理论充分证明农业系统是非线性耗散结构的复杂系统，从而提出农业系统资源结构的调整从方法和理论上应该用复杂系统理论分析复杂农业系统的资源优化配置；农业系统的生产资源应该从复杂系统长期演化的角度进行优化分析，以期改变传统以“线性”思想为理论基础的“简化”系统分析方法。 根据复杂系统理论辨识出复杂农业系统的环境、系统结构以及相互间的非线性关系，并指出农业系统的非线性特征，结合经济结构变动理论，分析复杂农业系统发展趋势：远离平衡的更加有序，农业生产向动态均衡的非线性不均衡过程。证明了农业系统是非线性耗散结构的复杂系统。复杂农业系统要素非线性作用所表现的系统行为形成农业系统的整个演化轨迹，长期来看，由于系统内部自组织作用、系统协同(耗散作用的结果)和外部随机扰动的作用使得农业系统出现混沌现象，故复杂系统长期不可预测性。本研究提出复杂农业系统的非线性动力学预测规范，并建立基于“混沌吸引子”的非线性混沌动力学“局域”预测，利用改进主成分分析(RPCA)建立警报分析模型，在此基础上以产业为生产单元，建立自组织分析模型和农业系统运行的集约度测算方法。 在分析复杂农业系统资源优化配置的含义的基础上，利用非线性动力学模型建立复杂农业系统资源优化模型；同时指出传统以“瓦尔拉斯均衡”为基础的“帕洛托最优”模型在复杂农业经济系统的资源优化配置是不稳定的，因而是不能实现的；提出了只有从农业经济系统长期演化的角度，分析资源利用所形成的“混沌吸引子”，并以此作为资源优化配置的系统目标；这要求利用混沌控制原理，结合动态优化方法，建立复杂农业系统的资源优化控制模型，得出“混沌解”，这构成本研究的核心内容。 本研究重在复杂农业系统资源配置系统分析理论方法研究，并以四川成都农业系统相关数据(1985～2000农业统计年鉴)进行分析验证和说明，结果表明应该用复杂系统理论分析复杂农业系统是较好的分析方法。