河豚鱼[Takifugu Rubripes],俗称河鲀,隶属于硬骨鱼纲、鲀形目、鲀科。河豚鱼是我国重要的海洋渔业种类,具有较高的食用和经济价值。河豚鱼基因组测序计划已被纳入人类基因组计划,作为人类基因组的蓝本,并于2002年首次完成了河豚鱼基因组的测序。随着河豚鱼基因组研究进展逐渐加快,使我们需要对河豚鱼生长发育、病理学、肌肉生长/品质等方面的研究,但目前河豚鱼的研究仅限于基因进化和环境毒理学上。对其进行蛋白质组学的研究意义重大。目前国内外未见关于河豚鱼肝、肾蛋白质组学研究的报道。本研究以河豚鱼为实验材料,建立了河豚鱼肝、肾的蛋白质组技术体系,获得分离较好的蛋白质凝胶指纹图谱。1.利用蛋白质组学的方法,在河豚鱼肝脏中鉴定到66个蛋白,其中有26个蛋白是河豚鱼中新发现的蛋白质。新发现的蛋白中,代谢相关蛋白主要包括视黄醇脱氢酶和酰基-辅酶A结合蛋白;遗传相关蛋白主要包括TPR结构域蛋白和TAF5-RNA聚合酶Ⅱ;生长发育相关蛋白主要包括SH3结合蛋白、细胞周期蛋白D1、透明质烷蛋白聚糖连接蛋白、Bonnie-clyde蛋白、tuba1蛋白、锌指肌动蛋白、外表层Ⅰ型细胞角蛋白、成蛋白同源蛋白;细胞过程相关蛋白主要包括t-络合物多肽的伴侣素、特异性皮肤T细胞淋巴瘤抗原、β-衣被蛋白复合物、核膜血影蛋白、驱动蛋白家族5B、细胞分裂素活化蛋白激酶。2.利用蛋白质组学的方法,在河豚鱼肾脏中鉴定到38个蛋白,其中有19个蛋白是河豚鱼中新发现的蛋白质。新蛋白中代谢相关蛋白主要包括精氨酰基-tRNA合成酶、H⁺转运-ATP合成酶-线粒体F₀复合物b亚基;遗传相关蛋白有δ-聚合酶;生长发育相关蛋白有黄素蛋白氧化还原酶和中线蛋白;细胞过程相关蛋白主要包括磷酸酶-肌动蛋白调节因子、exocyst复合物、钙结合蛋白、角蛋白、膜联蛋白。3.利用HCA、PROSITE和Motif scan等软件,以SN4TDR蛋白为例建立河豚蛋白质组的生物信息学分析模式,对SN4TDR蛋白的结构域和功能位点进行分析,结果显示该基因跨越87624bp的序列,由24个外显子和23个内含子组成。SN4TDR蛋白具有4个SNc功能域和1个重叠的Tudor和SNc的功能域。该蛋白SNc1和SNc2与DNA结合;SNc3和SNc4形成碱性月牙形凹表面,与双链RNA相结合,表明其在转录调控和转录后调控过程中发挥重要作用。