改革开放30年来,我国经济一直保持着高速发展的态势。与此同时,生态环境却每况愈下。生态环境破坏的范围在扩大,程度在加剧,危害在加重。近年来,旱灾、洪灾、沙尘暴等各种自然灾害的频发给经济社会带来了巨大的损失。生态环境已经在一定程度上成为制约经济社会发展的瓶颈,影响到我国经济社会的可持续发展和国家的生态环境安全。目前,我国已经建立起了一个比较完整的生态保护政策体系,对主要生态环境问题的治理也有了较为完善的法律依据和政策手段。但在实践过程中,我们仍然深刻地感受到在生态保护方面还存在着结构性的政策缺位,特别是有关生态建设的经济政策严重短缺,无法解决诸如国家重要生态功能区、流域和矿产资源开发等领域的生态环境保护问题。毋容置疑,在这类生态保护与污染防治问题的背后,有一个共同的利益关系规律在发生着作用,即由于环境利益及其相关的经济利益在保护者、破坏者、受益者和受害者之间的不公平分配,导致了受益者无偿占有生态效益,保护者得不到应有的经济激励；破坏者未能承担破坏生态的责任和成本,受害者得不到应有的经济赔偿。这种环境及其经济利益关系的扭曲,不仅使我国的生态环境保护面临很大困难,而且也威胁着地区间和不同人群间的公平发展。因此,要解决这类问题,就需要建立一种调整相关主体利益分配关系的政策和机制,激励生态环境保护行为,约束生态环境破环行为。这就是生态补偿机制的基本政策含义和目标。本文在已有国内外学者研究的基础上,采用公共政策与制度分析研究方法,运用新制度经济学、公共经济学、公共选择理论、博弈论等知识和工具,将生态补偿机制理解为不同主体间互动博弈内生形成的制度,通过建立一个多中心自主补偿的理论分析框架,以制度体系的视角解构生态补偿问题,提出突破政府机制、市场机制和内在机制“非此即彼”的单一僵化的制度设计,针对生态环境的具体属性和相关利益主体所面临的激励因素,以及业已存在的正式的、非正式的制度实践,选择适当的生态补偿机制,即一种“多中心自主补偿”机制,深入研究了中国转型期生态补偿机制。论文遵循提出问题、建构框架、实证分析、解决问题的逻辑思路和技术路线,分六章展开分析和研究。第一章为导论。介绍本文的研究背景、理论价值和现实意义,在总结和提炼国内外文献研究成果的基础上,概括提炼本文的研究思路、整体架构、主要内容和研究方法,并指出本文研究的可能创新与不足。第二章为理论基础。分析生态环境治理活动及其相关治理制度的产生和演进历程,探讨各种制度安排治理生态环境的途径及其绩效,阐释生态补偿的微观基础：物的因素——生态环境和人的因素——生态补偿参与主体。本文认为,在生态环境治理中,政府机制、市场机制和自主机制都不是万能的,都有着各自的优势和劣势。生态补偿机制的创新并不是要全部否认原有的制度形式,而是要在原有制度的基础上寻找更优的制度。而生态环境具有稀缺性和公共物品属性,并且还能提供生态系统服务,这更为建立生态补偿机制奠定了经济学的理论基础。第三章对转型期中国生态补偿的利益相关者进行了识别,分析与之相关的利益相关者面临的主要互动博弈行为。本文认为,在生态系统服务补偿和重要生态功能区补偿中,主要的利益相关者包括：中央政府(以国务院为代表)、地方政府(省、县、乡政府)、环境管理部门(包括国家环保总局、各省环保局等)以及生态补偿的实施者(主要是当地居民)。在流域生态补偿中,主要的利益相关者包括：流域生态系统的上下游区域、流域管理部门和流域地方政府。在资源开发补偿中,主要的利益相关者包括：当地涉及资源开发的企业和环境管理者。转型期中国生态补偿中,中央政府和地方政府目标的不一致,导致行为策略的不同,以致我国环境政策的失灵；在流域生态系统中,由于外部性的存在,上游和下游地区出于各自的经济利益分别有过度开发和“免费搭便车”的行为偏好；在生态系统服务补偿和重要生态功能区补偿实施过程中,一些区域在原规划的生态建设工程中,出现了当地居民未进行生态建设和环境管理部门监管不力的情况；在资源开发补偿中,则有政府和理性企业在企业是否实施生态补偿上的博弈。第四章是本文的核心部分,分析了生态补偿中的政府机制、市场机制和内在机制的机理,并提出了一个多中心自主补偿的分析框架,突破政府机制、市场机制和内在机制“非此即彼”的单一僵化的制度设计。本文认为,单一地选择政府补偿、市场补偿或内在补偿均需要支付显著的成本,存在不同方面的失败,而实践中三种补偿模式往往相互合作与补充、相互对抗与竞争,存在着紧密的互动关系。这为我们创新生态补偿机制提供了富有意义的方向性启示和基础性条件,即突破政府机制、市场机制和内在机制“非此即彼”的单一僵化的制度设计,针对生态环境的具体属性和相关利益主体所面临的激励因素,以及业已存在的正式的、非正式的制度实践,选择适当的生态补偿机制。这实质上就是一种“多中心自主”补偿机制。第五章是实证分析部分。本章分析了转型期中国生态补偿实践典型案例：重大生态建设工程的生态补偿实践、金华江流域生态补偿实践和社区参与在梵净山保护区退耕还林工程中的运用,利用本文所提供的研究思路和研究框架,进一步对我国当前生态补偿现实问题进行了深入剖析,更加明晰了转型期中国生态补偿机制的创新之路。第六章对全文的研究内容进行归纳总结,并在此基础上提出转型期中国生态补偿机制创新的政策建议。