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蓝藻16S rRNA-23S rRNA基因间隔区（16S rRNA-23S rRNAinternal transcribedspacer, ITS）序列在长度和碱基组成上具有较高的变异性，因此有学者将其应用于蓝藻分类鉴定及系统发育研究。然而目前报道的蓝藻ITS序列拷贝分布情况以及不同拷贝类型间进化关系分析等数据有限，且ITS序列是否适用于蓝藻种水平分类阶元的研究亦存在争议。鉴于以上原因，本课题就蓝藻ITS序列的拷贝分布情况、不同拷贝类型之间的进化关系及其系统学研究适用性进行分析。采用形态学方法和基于16S rRNA基因的分子生物学方法对24株蓝藻样品进行分类鉴定；PCR扩增检测ITS序列拷贝分布情况；割胶回收扩增的拷贝条带并克隆测序。结果显示：（1）蓝藻的ITS序列至少存在三种拷贝类型，即ITS-IA型(同时携带tRNAIle和tRNAAla编码区的ITS)、ITS-I型（只携带tRNAIle编码区的ITS）、ITS-N型（无tRNA编码区的ITS）；（2）色球藻目藻株的ITS序列均为单一拷贝类型（仅有ITS-IA或ITS-I型）；颤藻目藻株的ITS序列为单一拷贝类型（仅有ITS-IA或ITS-I型）或两个拷贝类型（同时具有ITS-IA和ITS-N型）；念珠藻目藻株的ITS序列为单一拷贝类型（仅有ITS-IA型)或两个拷贝类型（同时具有ITS-IA和ITS-N型）；真枝藻目藻株的ITS序列均为两个拷贝类型（同时具有ITS-IA和ITS-N型）。以ITS序列为单一拷贝类型的4株席藻（Phormidium）样品和基因库（Genbank）中已知ITS序列的12株席藻为实验材料，采用Clustal X1.83软件进行序列比对和人工校正；采用PAUP*4.0b4a软件以最大简约法(maximum parsimony，MP)和最大似然法(maximum likelihood，ML)构建系统发育树，探讨席藻属内两种不同拷贝类型间的进化关系。结果显示：采用两种处理方式得到的系统发育树，均显示ITS-IA型和ITS-I型的种类各自聚为一个组群，ITS-IA型形成组I，ITS-I型形成组II，且组I的节点较组II出现的早，表明ITS-I型极有可能是由其原来的ITS-IA型缺失tRNAAla编码区进化而来，ITS-IA型应为蓝藻ITS序列的基本结构。以鱼腥藻属（Anabaena）和节旋藻属（Arthrospira）内种名明确的藻株为实验材料，构建基于ITS序列的系统发育树，对其作为蓝藻属内种间分类水平的分子标记适用性进行分析。结果显示：在基于鱼腥藻属ITS序列的系统发育树中， ITS序列能够将13株分布于5个不同种的鱼腥藻藻株在种间水平上明确地区分开来，而在基于节旋藻属ITS序列的系统发育树中，13株分布于4个不同种的节旋藻藻株在种间水平上并未完全区分开来。上述结果表明，蓝藻的ITS序列在属内种间水平的系统学研究上具有一定的局限性。