新型农村合作医疗的发展与完善，对于保障农民身体健康，促进社会和谐发展具有重要作用。发展与完善新型农村合作医疗的关键是建立起科学、高效的新型农村合作医疗运作机制。因此，必须认真研究分析新型农村合作医疗运作机制问题。　　 本文运用实地调查法、规范分析和实证分析相结合的方法、定性分析和定量分析相结合的方法等方法，以菏泽市为例，对新型农村合作医疗运行机制进行了分析研究，形成如下结论：　　 （1）新型农村合作医疗机制是相对传统农村合作医疗而言的，两者在组织管理、基金筹集、基金补偿、监督管理等方面有较大差异。新型农村合作医疗是由组织管理机制、筹资机制、补偿机制和监督管理机制组成的，各项机制互相联系、互相制约，共同形成了新型农村合作医疗的运作机制。　　 （2）菏泽市经过五年来的实践，新型农村合作医疗制度已经建立起来，其运行机制也在不断完善之中。该市已经建立了一套新型农村合作医疗组织管理机构，配备了相应人员，能够基本满足其运转的需要。菏泽市新型农村合作医疗筹资机制是政府补贴为主，个人缴费为辅，其筹资标准从最初的21元升至100元，说明政府补助水平在不断加大，进而使补偿水平得到不断提高。同时该市也建立了相应的监督管理机制。　　 （3）通过对菏泽市新型农村合作医疗运作机制进行分析发现，菏泽市在新型农村合作医疗运作中存在若干问题，主要表现为：基层政府片面应付工作，基层经办机构工作压力大，信息网络建设水平低，现有基层农村医疗卫生条件无法满足众多参合农民的医疗卫生服务需求；筹资标准依然较低，各级政府筹资比例有不合理之处，增加了贫困县的财政压力；补偿比例偏低，报销办法复杂，手续繁琐；监管机构与规章制度不够健全，对定点医疗机构监管不到位，医药价格上升过快。　　 （4）新型农村合作医疗运作机制自身完善的政策措施：一是明确新型农村合作医疗的地位，加强基层经办机构组织管理。二是适当提高筹资标准，调整市、县政府补助比例。三是随着筹资标准的提高而调高补偿标准，简化报销手续。四是加强各项规章制度建设，严格审查医疗定点机构资质，加强医疗机构内部管理与农村药品价格监管。　　 （5）结合菏泽市农村突发公共卫生事件多、农民低收入人群多的特点，应建设新型农村合作联动运作机制，与疾控体系、医疗卫生救助体系相联动，重视农村突发公共卫生事件，帮扶贫困、低保农村居民。增强新型农村合作医疗制度运作的高可用性，使新型农村合作医疗能健康、持续发展。