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目的:探讨不同病程阶段慢性HBV感染者前S基因缺失的临床流行特点及其临床意义。方法:采用巢式PCR方法扩增测序146例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者(CHB组)、111例HBV相关肝硬化(liver cirrhosis,LC)患者(LC组)、146例慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)患者(ACLF组)和136例HBV相关肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者(HCC组)的HBV pre-S基因(nt 2848-154)。分析比较不同组患者的pre-S基因缺失发生率、缺失热点区域和缺失片段长度。结果:LC组和HCC组患者的HBV pre-S基因缺失率显著高于CHB组(26.1%vs.15.8%,P=0.040;34.6%vs.15.8%,P<0.001);LC组pre-S1基因单独缺失率显著高于CHB组(17.1%vs.4.8%,P=0.001);HCC组pre-S2基因单独缺失率显著高于CHB组(19.1%vs.4.8%,P<0.001)。不同病程阶段患者发生缺失的热点区域也不相同,CHB组发生缺失的热点区域为nt 3031-3215(30.4%)和nt 24-57(30.4%);LC组为nt 2849-2866(55.2%)和nt 5-55(31.0%);ACLF组为nt 2849-2866(28.6%)和nt 1-54(25.7%);HCC组为nt 5-55(57.4%)和nt 2849-2866(12.8%)。不同病程阶段患者发生pre-S基因缺失的片段长度差异并无统计学意义。结论慢性HBV感染者中,随着疾病进展HBV pre-S基因缺失率呈上升趋势,其中pre-S1基因缺失突变在LC患者中显著增高,pre-S2基因缺失突变在HCC患者中显著增高。pre-S基因缺失可能参与驱动HBV慢性感染的疾病进展。