在冷战结束后的二十多年里，中菲关系的发展轨迹历经了大致三个阶段，实现了两次重大转变。20世纪80年代末苏联解体，90年代初冷战结束，亚洲局势也经历剧变。拉莫斯总统时期，菲律宾为了国内的发展，除了强化与台湾的政治联系来获得台湾对菲律宾的巨额投资，菲律宾开始加强对南海岛礁的主权诉求，中菲两国在南海上的矛盾凸显。而冷战后随着亚洲格局的变化，在亚洲的大规模驻军对美国来说的不仅重要性开始下降，而且耗费太大，因此美国不仅从菲律宾撤兵还大幅减少了对菲律宾的援助，缺少美国保护的菲律宾在面对南海冲突时将中国定义为对菲国家安全的威胁，其不仅谋求重新加强与美国的安全合作关系，对华外交趋于激进，这导致1995年以来中菲关系的恶化。但是，自上个世纪末以来，菲律宾对华政策开始了其冷战之后的第一次转变，这种转变的表现是中菲关系在21世纪头十年两国关系迅猛发展。尤其是2004年菲美因伊拉克人质事件冷却之际，中国抓住时机对菲律宾采取全方位的外交攻势，中菲两国在安全、防务以及南海问题上取得前所未有的进展。不过，自2010年阿基诺三世上台之后，菲律宾的对华政策以及中菲关系发生了冷战之后的第二次大的转变。促成中菲关系第二次转变的重要因素是南海问题。自2011年以来，菲律宾的对华政策逐渐发生重大转变，其在南海问题上对华强硬，菲律宾国内“中国威胁论”甚嚣尘上，中菲关系因南海争端跌至1975年建交以来的冰点。中菲关系的两次转变都与该时期菲律宾对安全环境的判断有关，当然，其他因素如反恐、中国的海洋政策、美国等因素也在很大程度上影响了中菲关系。在第一个时期，由于中菲两国相继在1995年和1999年爆发两次美济礁冲突，南海问题在中菲关系之中前所未有的突出，菲律宾对国家安全的评估因此发生变化，中国被重新定义为“威胁”，中菲关系因此随之恶化。在21世纪最初的十年里，南海问题在双边关系中引而不发，中菲关系经历了十年的黄金时期，中国被更多地被菲律宾视为朋友而不是敌人。但是自2011年以来的南海紧张局势，迫使菲律宾的安全政策再次发生变化，菲律宾放弃与中国的战略关系，转而联美制华，中菲关系跌入低谷。相反，由于美国在2010年开始调整其全球战略，并“重返亚洲”，菲美关系重新升温。