论文从理论和实证两方面系统地研究了高校科技项目专利管理问题，力图为提升高校科技项目专利管理的绩效予以理论支撑和制度设计。本文以系统论为研究视角，在现有文献研析及前期知识积累的基础上进行理论探究；通过实地调研分析高校科技项目专利管理体系影响因素；针对关键影响因素进行系列制度的创新研究；对个案设计可操作性的创新方案。 内容根据题意逐层展开。首先，赋予高校科技项目专利管理体系新的内涵，构建了高校科技项目专利管理体系的理论分析框架；其次，通过南京五所高校科技项目专利管理体系问卷调研及实地考察，深入分析个案，寻觅高校科技项目专利管理体系的主要影响因素；运用管理关系的层次分析方法，探析高校科技项目专利管理体系主体间诸层次管理关系的不和谐性，找出引发高校科技项目专利管理体系问题的关键影响因素；最后，健全绩效考核制度、强化激励制度和实施体系监控机制等系列制度的创新，就个案从专利战略、组织、流程及制度等方面设计其可操作的创新方案。 论文特色在于，构建高校科技项目专利管理体系的理论分析框架；运用管理关系的层次分析，探析高校科技项目专利管理体系中诸层次管理关系中的不和谐性，找出引发高校科技项目专利管理体系问题的关键影响因素，将制度创新作为研究的重点与问题解决的落脚点。