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我国沉香属植物有2种,白木香(Aquilaria.sinensis(Lour.)Sprengel)和云南沉香(A.yunnanensis S.C.Huang)。由于人为砍伐和环境破坏使得野生资源濒临灭绝,而且对其遗传结构以及亲缘地理的研究较少。本研究利用cpDNA、nrDNA以及SSR分子标记,以A.crassna为外类群,分析了10个国产沉香居群的谱系演化历史、遗传结构以及现有遗传格局形成的机制。此外,根据国产沉香属植物群体的遗传结构特点提出了相应的保护和开发策略。主要研究内容和结果如下:1.亲缘地理学分析利用cpDNA间隔区和ITS序列分析国产沉香属植物的演化历史。从21对叶绿体DNA间隔区引物中筛选出2对(trnvX2-ndhC和psbB-psbH)引物用于国产沉香属植物的谱系演化分析。trnvX2-ndh C序列联配后长度为556bp,平均G+C含量为25.4%,包括泰国沉香(A.crassna)在内共产生9个单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.709,核苷酸多态性(π)为0.01494。psbB-psb H序列联配后长度为610bp,平均G+C含量为33.3%,产生3个单倍型,Hd为0.492,π为0.00243。ITS序列联配后长度680bp,ITS1长246bp,5.8s长163bp,ITS2长271bp。沉香属居群的平均G+C含量55.3%,ITS1中有4个多态位点,5.8s和ITS2中没有多态位点。结合从Genbank中下载的20条序列分析,共产生34个多态位点,ITS1中有19个多态位点,5.8s中有3个多态位点和ITS2中有12个多态位点,产生13个单倍型,Hd为0.86,π为0.0107。经种群动态检验并结合ITS数据,发现国产沉香属植物居群在较近的历史时期经历了快速的扩张事件。单倍型数据显示,广东和广西两省具有最多的广布单倍型种类和数量,推测两地区可能存在一个国产沉香的分布和起源中心,而且云南、海南以及福建的单倍型是其衍生单倍型。2.SSR分子标记分析利用SSR标记,分析国产沉香属植物群体的遗传结构以及谱系分化。在设计的121对引物中筛选出20对多态性引物,在11个居群中共检测到266个等位基因,平均等位基因数(k)为13.3,平均观测杂合度(Ho)为0.826,平均期望杂合度(He)为0.787,所有位点均为高度多态位点(PIC>0.5)且位点之间不存在连锁现象;但引物SSR1-28的无效等位基因频率过高,不符合实验要求所以剔除。利用19对引物进行居群扩增,在居群水平的平均等位基因数(Na)为5.277,Ho和He分别为0.841和0.657,所有居群的自交系数均为负值(Fis<0)。哈迪-温伯格检验(Hardy-Weinberg test)发现11个居群中有4个偏离哈温平衡。主成分分析(PCoA)、Structure和UPGMA聚类分析发现11个居群分为明显的3个谱系,泰国沉香(A.crassna)独自成为一个谱系,基因来自单独的基因库,国产沉香属植物可以分为2个谱系,基因分别来自不同的基因库,谱系间基因交流较小(Nm=1.09),而谱系内部的基因流较频繁(谱系1,Nm=2.27;谱系2,Nm=5.06),造成谱系分化主要原因是受到地理隔离的影响,在2个谱系交界处有东北-西南走向的山脉,阻碍了谱系间基因的交流与物种的扩展。AMOVA结果显示遗传变异主要来自于居群的内部(Fst=0.1862),有11.58%的变异存在于两个谱系之间,7.03%的变异来自于两个谱系内部的居群之间,81.39%的变异来自于居群内个体间的差异。Bottleneck检验发现除ASH居群外所有的居群均未经历瓶颈效应。IBD检验显示遗传距离与地理距离相关性不大。3.保护策略广东与广西两省可能存在国产沉香属植物的起源分布中心,因此应将这两个地方作为保护的热点区域。根据序列以及SSR数据分析发现,在云南居群与福建居群中存在特有的单倍型,而且国产沉香的遗传多样性主要存在于居群内部,因此,在加强保护多样性的同时还应注意保护特有单倍型。