随着技术变化速度加快，市场竞争激烈和个性化消费导致产品生命周期大大缩短，企业间的竞争更多地表现为企业价值和核心能力的竞争。研究与开发(R&D)管理成为企业技术管理的核心和重点。高新技术企业对R&D的资本投入在经营成本中占很大的比重，连续、高效、敏捷的R&D核心能力成为其生命线。由此产生的问题是：如何有效地保证高新技术企业的R&D活动是高效的?高新技术企业R&D活动的特有属性和R&D生命期的作用，使得国内外学术界和企业界都十分关注R&D的绩效。如何评测、保障、提高高新技术企业的R&D绩效是当前国际上研究和关注的理论前沿和热点。 本论文的目的在于建立相关的R&D绩效的测度与控制机制，保障高新技术企业的R&D活动的绩效。我们首先分析了目前国内外R&D管理的实践和发展趋势，在此基础上，提出了本论文的研究框架，试图从高新技术企业R&D绩效测度系统的设计、实施和更新、R&D管理模式的选择以及R&D团队的治理机制三个方面分析和探讨R&D绩效的有效管控问题。 在相关管理理论以及文献的基础上，我们分析了影响高新技术企业R&D绩效管理的权变因子以及绩效测度系统的功能需求，提出了R&D绩效测度系统的设计方法，以及在实施与更新过程中相关问题和建议，为有效的绩效测度系统的管理过程提供了一套方法论。通过实证研究，分析了目前国内高新技术企业R&D绩效测度系统管理的现状，并揭示了有效的R&D绩效测度与R&D绩效呈正相关，即有效的R&D绩效测度系统能够改善和提高企业的R&D绩效。 本文在R&D绩效测度系统管理的基础上，详细的探讨了高新技术企业R&D活动特性，并根据决策的分散程度以及市场化程度的不同，提出了四种R&D管理控制模式，并分析了每一种模式的在技术战略管理、R&D组织管理、绩效的测度与评价三个方面的特点。并根据实证研究的结果，揭示了目前国内高新技术企业的主要的控制模式，并通过相关性分析，了解到正确了管理控制模式将对高新技术企业的绩效起到促进作用。 在本论文的最后一部分，我们把企业治理理论引入到R&D团队，我们着力分析了高新技术企业以及R&D团队治理与传统企业的差异。提出了建立有效的R&D组织模式的十大成功因素。分析了R&D团队控制权与剩余索取权的均衡机制，研究表明，必须给予R&D团队及其成员一定的控制权与剩余索取权，提出了与其他利益相关之间均衡的分配原则。最后，探讨了高新技术企业R&D人员的激励机制，并通过大量的实证数据，针对国内R&D人员在不同的发展阶段，揭示了激励契约的不同因高新技术企业R&D绩效测度与控制的研究素对R&D绩效的影响程度。