猪苓[Polyporus umbellatus(Pers.)Fries]为多孔菌目多孔菌科真菌，是我国重要的传统药用真菌，具有利水渗湿的功效，随着猪苓药理功效研究的深入，特别是猪苓多糖能增强免疫力、抗癌以及对肝病具有疗效，使得猪苓的市场需求量急剧攀升，而其人工栽培技术还不成熟且受诸多自然条件的限制，市场上的猪苓药材主要来自于野生资源，从而导致猪苓野生资源日趋枯竭，已被列入国家重点保护野生药材名录。开展猪苓野生种质资源的遗传多样性研究，对于猪苓种质资源的保护及利用均具有重要的意义。EST-SSR标记是一种与功能基因相关联的分子标记，其在物种的遗传多样性分析、基因定位以及遗传图谱构建等方面都具有很好的应用前景。目前猪苓EST-SSR分子标记的开发及相关研究尚未见报道，且猪苓EST序列资源有限，需要从其它物种的EST序列中挖掘SSR标记，应用于猪苓EST-SSR标记的相关研究。本研究从多孔菌目EST序列着手，设计开发EST-SSR引物，以不同产地的猪苓基因组DNA为模板进行扩增，挖掘多孔菌目内EST-SSR引物，用于猪苓遗传多样性研究。研究取得的主要结果如下：1、从NCBI获取的多孔菌目EST序列，挖掘SSR位点。下载初始的EST序列经过去除低质量片段及冗余序列后得到97134条无冗余序列，搜索到9520个SSR位点分布于8531条序列中，SSR出现频率为9.80%，重复基元以单核苷酸重复（85.92%）为主，二、三核苷酸重复出现的比例较低，分别为2.73%和8.57%。同时对现有多孔菌目下属各科EST序列的SSR分布特征分别进行了统计和分析。2、利用筛选出的包含SSR位点的EST序列设计SSR引物。合成了30对得分较高的引物，以13个猪苓种质资源为模版，进行PCR扩增，扩增结果是30对合成引物中有23对有扩增产物出现，占合成引物的77%，其中21对引物表现出多态性差异，占可扩增引物的91%。分析21对多态性引物，结果显示单核苷酸重复基元的EST-SSR引物所表现出的多态性最低。3、用多态性EST-SSR引物对13个来自不同产区的猪苓进行遗传多样性分析，获得遗传相似性系数，其范围在0.4222～0.8000之间，变幅为0.38，其中11号菌种（河南伏牛山）和2号菌种（陕西太白山阴坡）的相似系数最小，1号菌种（陕西太白山阳坡）和5号菌种（黑龙江）的相似系数最高。4、基于遗传相似系数，用非加权平均法对13个种质进行聚类分析，以相似系数0.59为阈值，将13份猪苓种质分成3个类群。聚类结果并未显示出地理分布与种质分化之间有明显的相关性。这些研究结果表明，利用多孔菌目EST序列开发的EST-SSR引物能够应用于猪苓遗传多样性的研究，相关分子标记将为猪苓种质资源的保护与利用提供基础。