混合菌群发酵制氢具有较好的工业化应用前景，是生物质能源研究的热点之一。但是从生理生化角度出发，混合菌群中微生物多样性导致的内源异质性会在产氢过程中形成“短板效应”，从而影响菌群整体水平的发酵性能，而这种效应在高有机负荷转化条件下表现得更为明显。因此如何有效约束和调控厌氧产氢菌群的内源异质性，强化菌群整体水平的发酵性能，实现高浓度底物转化过程中的定向强化制氢，这对提高厌氧发酵制氢的生物质能源转化效率起到非常重要的促进作用。本论文以厌氧污泥为研究体系，采用复合选择性压力和级联进化策略对厌氧产氢菌群进行适应性进化，通过改造微生物群落结构和提高功能微生物的生长发酵性能，约束和调控产氢菌群中微生物的异质性，实现在高有机负荷转化条件下的定向强化发酵制氢；在此基础上，论文借助DGGE、qPCR等多种技术手段对整个厌氧污泥体系多维水平的进化机制进行解析。主要研究结果如下：(1)有机酸胁迫对产氢活性的抑制效应比对菌群代谢活性的抑制效应更为严重，且丁酸胁迫对厌氧发酵制氢的抑制效应比乙酸胁迫更显著。三种代谢抑制剂(氯仿、4-甲基吡唑和草氨酸盐)的复合作用可以有效约束产氢菌群的代谢异质性并促进产氢。在添加0.1%氯仿、8mM4-甲基吡唑和15mM草氨酸盐的发酵体系中，氢气产率达到了2.30mol/mol，而对照体系的氢气产率仅为1.48mol/mol。以三种代谢抑制剂和丁酸胁迫作为复合选择性压力，采用分批模式的适应性进化策略可以一定程度提高产氢菌群对丁酸胁迫的耐受力以及强化其定向发酵制氢能力。进化菌群和出发菌群在不含胁迫条件下的氢气产率分别为2.06mol/mol和1.48mol/mol，底物降解率都在99%以上；在250mM丁酸胁迫条件下，出发菌群的底物降解率和氢气产率分别只有58.6%和0.42mol/mol，而进化菌群则达到了98%和1.67mol/mol。进一步考察进化菌群的发酵表现，结果发现分批模式适应性进化策略的不稳定性和局限性。(2)基于连续流模式的级联适应性进化策略可以有效抑制产氢菌群的代谢异质性，赋予进化菌群稳定的定向强化发酵制氢能力。考察级联适应性进化不同阶段产氢菌群的发酵性能及其稳定性，结果显示各阶段菌群的发酵制氢能力有明显差异。出发菌群的氢气产率为1.47mol/mol，氯仿驯化过的产氢菌群则为1.63mol/mol。酸适应性进化后的产氢菌群发酵体系中，氢气产率上升至1.96mol/mol，而乙醇、丁醇和乳酸的产率分别只有0.05、0.01和0.03mol/mol。在复合选择性压力下获得的进化菌群发酵体系中，其氢气、乙酸和丁酸的产率分别达到2.19、0.58和0.55mol/mol，而乙醇和乳酸的产率则分别为0.02和0.01mol/mol。研究酶学耐酸机制(acid tolerance response, ATR)与发酵动力学参数之间的相互关系发现，hydrogenase和H+-ATPase的比酶活与比产氢速率和比产酸速率之间有着相似的变化规律，而且产氢菌群对自生胁迫压力展现出某种“预测”效应，在进化菌群中这种效应更加明显。针对谷氨酸脱羧酶系统(glutamic acid decarboxylase,GAD)的效能分析发现，外源谷氨酸的添加对产氢菌群的氢气产率并没有显著影响，但是促进了氢气的生产强度。(3)进化菌群在不同有机负荷下的发酵表现比出发菌群更为稳定，进一步考察两者的代谢变化规律发现，它们在各自的代谢变化区域范围内展现出不同的代谢特征，这表明两者的生化性质存在明显差异。分析两者在相关代谢酶学水平的差异，结果表明，相比于出发菌群，进化菌群中产醇途径相关酶的比活性相对较低，而定向发酵制氢途径相关酶的比活性相对较高；考察pH和丁酸胁迫对相关酶活的影响，结果表明，进化菌群中定向发酵制氢相关途径的代谢酶和H+-ATPase对pH和丁酸浓度变化的稳定性更好，从而间接反映了两种菌群在酶学水平上的异质性差异。(4)在不同有机负荷下，对出发菌群和进化菌群微生物群落结构和hydA表达水平的差异进行了探讨。聚类分析表明，随着有机负荷的逐渐提高，进化菌群的微生物群落结构比出发菌群的稳定性好。基于DGGE指纹图谱的多样性指数计算表明，进化菌群的种群丰富度指数明显低于出发菌群，而且其种群结构的均匀度明显好于出发菌群，从而进一步量化两者在微生物群落结构水平的异质性差异。DGGE片段克隆测序结果表明，出发菌群和进化菌群的优势微生物群落发生了明显的演替；同时荧光定量PCR结果显示，两种菌群的hydA在DNA水平上的数量差异不大，但是进化菌群的hydA表达水平要明显高于出发菌群。(5)随着有机负荷的逐渐提高，出发菌群和进化菌群中ATP含量、NADH+NAD+总量以及AcetylCoA/CoA的比值变化没有发生明显变化，且进化菌群ATP含量略高。但是有机负荷增加会提高菌群内部的ButyrylCoA/CoA比值和NADH/NAD+比值，出发菌群的NADH/NAD+比值增加更为明显，而进化菌群的ButyrylCoA/CoA比值增加更为显著。电子转移途径相关酶学研究发现，随着有机负荷的增加，NADH-ferredoxin reductase比活性显著增加，且进化菌群的变化趋势更为明显；此外出发菌群的Ferredoxin-NAD+reductase比活性会明显上升，而进化菌群则表现得相对稳定。