制药产业是一个关乎国计民生，直接影响到公共健康利益的产业，具有高技术、高投入、高风险和长周期等特点。从全球的制药产业格局来看，目前欧美和日本的大型原研药企处于产业链的最高端，全球性仿制药企业处于整个医药产业链的中段，而中国制药企业在全球分工中相对处于低端，向欧美、日本和印度制药企业提供原料药。未来几年，全球范围内将有价值超两千多亿美元的专利药专利到期，将释放巨大的市场空间，给广大制药企业带来了空前的机遇。在目前我国制药产业仍处于低水平重复、效率低下以及恶性竞争的状态下，制药企业如何抢抓专利药到期潮的机遇，投资者如何挖掘投资机会以及政府部门如何借此机遇加速制药产业结构的调整和促进产业的升级都是值得深入研究的问题。本文站在投资者的角度，基于新结构经济学理论，尝试提出在全球专利药到期潮的背景下A股市场投资制药企业的投资逻辑框架。首先在论述国内外制药产业发展现状、产业结构和产业特征后，对全球专利药到期潮机遇进行详细阐述；然后横向对比遵循比较优势战略成功实现产业转型升级的印度制药产业的经验模式，并对印度典型制药企业的发展历程进行深入分析；最后在实证分析A股上市公司历来抢抓到期潮机遇给投资者带来超额收益的基础上，尝试得出A股市场投资制药企业的逻辑和思路。本文认为投资者应该选择遵循比较优势战略的并且能够获得政府因势利导政策支持的特色原料药和首仿或品牌仿制药企业中，能够抢抓专利药到期潮机遇的投资标的。论文最后除了对投资者提出了投资建议外，还对国内制药企业提出了关于战略发展和产业升级的建议，并且对政府相关部门也提出了一些政策建议。