真菌及真菌类原生生物在生物地球化学循环中发挥着重要的作用，虽然证据显示它们广泛存在于海洋环境，但是人们对于它们在沿海水域的分布特征还知之甚少。为了探索真菌群落在沿海水域的时空分布模式以及驱动真菌群落动态变化的环境因子，本论文利用18SrRNA基因片段的丰度和rRNA操纵子内转录间隔区(ITS)序列，通过高频率(每周)长时间(三年)序列研究和连续三年从近岸到远岸五个站位的断面研究来探索温带沿海水域中真菌群落的动态变化规律。时间序列研究揭示出真菌群落的多样性、丰度和群落组成具有显著的季节性：丰度在夏季和秋季出现两次峰值，其季节性变化与叶绿素a、SiO4和氧饱和度呈正相关关系;多样性最高值出现在冬季，最低值出现在夏季，其季节性变化受温度、pH、叶绿素a、日照、盐度和溶解性无机碳的影响;真菌群落一年四季以子囊菌门为主导，同时伴随着担子菌门和壶菌门等其他菌门的季节性出现，群落组成的季节性变化主要受温度、光照和碳酸盐体系的影响。通过近岸到远岸五个站位的断面研究揭示出真菌群落的空间变化模式：丰度从近岸到远岸逐渐降低;多样性从近岸到远岸呈动态变化的模式，中间站位的多样性最低;丰度和多样性的空间变化模式均与溶解性无机碳、盐度显著相关;近岸到远岸各个站位上既包含特有的真菌类别，也包含与其他站位共享的真菌类别，距离越远的两个站位所共享的真菌类别数目就越少。为了探索沿海水域中真菌类原生生物的丰度及生物量的时空变化模式，本论文通过流式细胞仪检测和计数方法对沿海水域中真菌类原生生物的丰度进行调查，结果发现绝大多数近岸站位上真菌类原生生物的丰度高于远岸站位;夏季真菌类原生生物的丰度总体上高于春季;超过三分之一的站位上真菌类原生生物的生物量超过了细菌。总体来说，我的研究结果强调了真菌及真菌类原生生物在沿海海洋生态系统中的重要性不容忽视。