微生物作为物质循环和能量流动的主要参与者，在湖泊的生态系统中起着特别重要的作用。传统上采用适当的培养基分离培养样品中的微生物，通过菌种鉴定来研究微生物群落的结构。这种依赖培养的方法存在很大的局限性，且可培养的微生物只占微生物的1％左右。随着分子生物学及其方法的发展，为了对西湖生态系统更全面地了解，本实验室用不依赖培养的分子生物学技术对西湖水域的微生物进行研究。我们在西湖水域5个不同的位点和深度采集水样，通过提取水样中的总DNA，以PCR的方法分离纯化微生物的总16S rDNA，连接转化入DH5α大肠杆菌构建16S rDNA基因文库，挑选文库中的阳性克隆对其16S rDNA的部分序列进行测序，并用BLAST程序对基因库进行同源序列搜索，以DNAMAN软件构建了相关类群的系统发育树。西湖微生物16S rDNA文库的分析表明，文库具有很高的多样性。在进行了分子鉴定和系统分类后，结果表明在27个克隆中有9个克隆与低G+C含量的革兰氏阳性细菌相似，它们分别是Bacillus subtilis、Staphylococcus saprophyticus、Streptococcus porcinus、Brevibacillus brevis、Bacillus sphaericus、Staphylococcus cohnii、Bacillus thuringiensis、Staphylococcus epidermidis和Bacillus simplex；6个克隆与γ-变形菌亚纲的细菌相似，它们分别是Pseudomonas alcaligenes、Escherichia coli、Shigella sonnei、Acinetobacter johnsonii、Pseudomonas putida和Proteus mirabilis；3个克隆与α-变形菌亚纲的细菌十分接近，它们是Sphingomonas paucimobilis、Ochrobactrum lupini和Agrobacterium rhizogenes；2个克隆与放线菌亚纲的细菌序列十分相似，分别是Brevibacterium casei和Micrococcus luteus；3个克隆与蓝藻门的细菌十分接近，包括Leptolyngbya nodulosa和两个为未培养的蓝细菌；另外，在27个克隆中还有3个克隆是属于真核生物，它们与分别与真核生物的藻类Dinophysis norvegica、Ditylum brightwellii和Nitzschia frustulum拥有相似的序列。此外还有一个克隆可能为未培养微生物16S rDNA的序列。