2019年底新型冠状病毒引发的肺炎疫情,对人民的生命健康、社会的和谐稳定以及国家的经济发展带来了极大的影响,新冠肺炎疫情的突发性、紧急性、严重性引起社会各界广大关注。为有效应对这一突发公共卫生事件,2020年1月20日,根据习近平总书记指示和李克强总理要求建立联防联控机制,要求各部门有效整合资源,形成防控疫情的有效合力。基层政府作为疫情防控的重要执行者,政府跨部门合作成为基层政府应急响应的必然选择,且在紧急状态下的跨部门合作是常态中跨部门合作的折射,更能够反映基层政府跨部门合作的真实水平,能够了解其在新冠肺炎疫情应急响应中及外部溢出效应影响下的跨部门合作现状及困境。论文基于整体性治理理论、公共安全管理理论和风险社会管理理论,运用文献研究法、案例研究法和深度访谈法等研究方法,在国内外突发公共卫生事件和政府跨部门合作相关理论和实践基础上,选取发生新冠肺炎疫情确诊病例的山西省S县作为典型案例,并进行实地调研和对新冠肺炎疫情应急响应中的相关职能部门工作人员进行深度访谈。通过整理调研资料和访谈内容,对S县在新冠肺炎疫情应急响应中跨部门合作的现状进行梳理,明确了S县跨部门合作的动力、合作的领导、沟通、责任模式以及合作的不同网络,进一步探讨跨部门合作中存在的问题和原因,并找出突发公共卫生事件应急响应中跨部门合作的优化路径。论文得出,由于各部门在合作中存在部门间任务分工不明确、领导机构协调能力薄弱、危机合作制度尚未健全和常态化合作文化的影响等原因;导致跨部门合作存在部门间推诿扯皮现象、部门间资源供给碎片化、部门间信息共享不充分和跨部门合作的人力不足等问题,一定程度上影响了跨部门合作应对新冠肺炎疫情的效能。最后,结合相关理论和实践基础,从优化跨部门合作领导体制、明确跨部门合作职责分工、健全跨部门合作沟通机制、加强跨部门合作法制建设、完善跨部门合作激励机制等方面提出对策,以更好提升基层政府应对突发公共卫生事件的整体效能。