近些年来，我国公益慈善事业获得了长足的发展，非政府组织也越来越广泛地走入人们的视野，特别是2008年汶川地震以后，民众对公益的热情日见高涨。然而，2011年的“郭美美”事件，让公益再次走到舆论的风口浪尖，引发了公众对公益慈善的广泛讨论，众多学者也呼吁非政府组织应走向专业化的发展，因其规范运作和高效率在解决现存问题之余，能发挥更大更积极的作用。本文选取了一个专业的非政府组织（A组织）作为研究对象，经过调查研究发现，A组织在实践领域发挥的功能和作用仍十分有限，作为组织运营核心的项目运作陷入项目管理的规范化与执行低效、组织的自主发展需求与环境约束的困境中。显然，要弄清楚困境产生的原因不仅需要关注该组织的内部，而且需要考虑组织项目运作的客观现实环境。　　因此，本文采用组织与环境互动的视角，从项目运作的过程考察困境的具体表现，以新制度主义理论和组织理论为指导，从组织内部制度制定与运行的条件性、我国非政府组织产生的独特背景和发展路径来分析A组织项目运作困境产生的组织内部原因;从宏观的制度规制和微观的政府激励机制来论述困境产生的外部原因，并在此基础上认为A组织的项目运作之所以会出现上述困境，是组织结构和制度环境互动的产物，面对复杂的现实情况，组织不得不在多重原则（如效率原则、合法性原则）的要求间做出取舍，在很大程度上也是微观层面政府激励机制强化的结果。　　本文不同于以往研究的地方在于，以往的研究偏重宏观地讨论非政府组织存在的问题，本文以个案为研究对象，以调查研究为事实基础，从微观层面具体展示非政府组织项目运作过程中所面临的现实困境，从组织分析的视角对困境的原因进行分析，并希望能以小见大，以微言大义的形式探讨非政府组织的现实发展。全文共分为四个部分，第一部分简要介绍研究问题的提出，述评相关研究文献，进而提出本文的研究思路和方法;第二部分，以案例为本，阐述A组织开展农村社区发展项目的基本过程和困境的具体表现;第三部分，对A组织项目运作困境的原因进行分析;第四部分，结论与讨论，对全文进行归纳总结，得出结论，并指出本文的局限性和不足以及值得进一步探讨的问题。