中国经济运行进入新常态,经济结构调整向纵深推进,如何配置各类市场要素被赋予了更高的要求。产学研知识创新联盟是整合各类资源的一种有效方式,由国家主导的知识创新联盟开始在地方大批试点。但是由于经济运行环境的巨大变化,企业、政府和科研机构之间的合作呈现出复杂化、多维化等新的特征,简单的合作模式已经不能满足各个利益相关方对联盟的需求,因此,在实践中很多联盟的运行并没有达到预期效果。由于理论界对联盟各个发展阶段的主要特征以及支配联盟发展变化的规律没有形成清晰、统一的认识,联盟的实践者与公共政策的制定者就难以根据联盟的特点有针对性地制定正确的应对措施。发展到今天,如何降低联盟的运行风险、优化合作路径、提高合作效率,进而解释联盟的发展规律,仍然属于理论研究的前沿问题,也是一个亟待实证检验的问题。本文对国内外有关产学研合作、知识创新联盟影响因素和风险控制研究现状及发展趋势进行了全面深入的梳理,在此基础上,利用新制度经济学的理论分析框架,借助博弈论、计量经济学等实证研究方法,深入分析了联盟运行的机制、联盟运行风险的识别评价,提出了控制联盟运行风险的路径与方法。分析了产学研知识创新联盟的内涵与特征,从学习机制、利益分配机制与协同机制三个角度探讨了产学研知识创新联盟的运行机制,重点从产学研知识创新联盟内企业之间的协同、企业与联盟之间的协同以及科研人员价值观与联盟的协同三方面,分析了产学研知识创新联盟的协同机制。通过构建能够解释联盟“技术优势”的博弈模型,从分析联盟从事技术开发的“规模”优势分析其“效率”,阐述了技术的市场化价值与相关者各自“贡献”的作用机理,从而为研究联盟运行风险控制问题奠定了理论基础。对联盟的利益相关者风险、联盟过程面临风险、联盟所在环境风险进行了分析与识别,重新界定了产学研知识创新联盟运行风险构成要素,对产学研知识创新联盟风险积聚、类别及成因进行研究,并解构了各类联盟运行风险的相互作用关系。根据产学研知识创新联盟研究的风险特征,创新性地运用ELECTRE-Ⅰ决策方法进行知识创新联盟伙伴选择,依据优势子集确定最佳的合作伙伴,建立可选择伙伴对象之间的弱序关系,构建了知识创新联盟伙伴选择的决策模型,形成控制联盟风险的定量方法与分析框架,为客观评价联盟运行风险提供科学依据。系统深入地研究了联盟运行风险控制过程,将产学研知识创新联盟的生命周期分为组建阶段、运行阶段、利益分配阶段、联盟解体阶段等四个阶段,界定了风险控制实现过程内涵和路径,阐述了联盟各个阶段风险因素之间的关联性,根据风险的积聚性和滞后特征,沿着联盟生命周期发展的进程逐步分析。通过博弈模型分析,研究知识创新联盟在动态发展变化过程中各类风险的产生机理,提出产学研知识创新联盟风险控制机制,提高产学研知识创新联盟的运行效率,解决联盟合作的不稳定性问题。建立计量模型,实证分析了风险对产学研知识创新联盟运行效率的影响机理,检验了产学研知识创新联盟利益相关方、过程和环境风险对于联盟运行效率的实际影响,印证了理论分析结论。本文的研究成果弥补了已有文献对知识联盟合作效率与治理机制研究的不足,为有效选择联盟合作伙伴的实证应用研究提供了新的模型方法,从而对风险治理领域的研究成果进行了有意义的补充。实证检验结果为联盟的参与者与政策的制定者提供了有价值的决策建议。