分子标记辅助育种是分子标记技术与传统育种技术相结合的产物，使得作物育种从一门主要依赖于经验性和偶然性的传统科学，上升为一门更具精确性的现代科学，大大提高了育种效率。 本研究以水稻长穗颈突变体协eB1为供体材料，设计引物扩增突变基因缺失位点作为辅助选择的标记，将euil基因回交转育到2份水稻保持系材料中，用于改善水稻不育系的包穗问题；测定一批水稻材料的直链淀粉含量，同时改进蜡质基因Wx不同基因型的检测技术，确定一些水稻材料的基因型，以粳稻日本晴为供体材料，将Wxb基因回交转育到5份直链淀粉含量过高Wxa型水稻材料中，从而降低其直链淀粉含量，改良水稻的米质；以一份糯稻材料HG-54为供体材料，利用与突变了的蜡质基因(wx)连锁的SSR标记，将wx基因回交转育到杂交稻组合博II优15的恢复系和保持系中，以期获得新的糯稻杂交稻组合。本研究主要结果如下： 1.根据euil基因的碱基缺失序列，开发出以PCR为基础的共显性标记，建立起该基因的分子标记辅助选择体系，将长穗颈基因(euil)分别回交转育到N9B和博IIB中，目前已获得BC3F1植株。 2.改良了蜡质基因(Wx)不同基因型的PCR一步检测方法，使其成为共显性标记，鉴定了一批材料的基因型，并测定了他们的直链淀粉含量。建立起Wxb基因的辅助育种体系，将该基因回交转育到5份直链淀粉含量高的材料中，获得BC2F1植株。 3.以糯稻材料为供体亲本，利用与蜡质基因连锁的SSR标记，将糯稻中突变了的蜡质基因(wx)回交转育到杂交稻组合博II优15的亲本中，以期培育出新的糯稻杂交组合，目前已经获得BC2F1植株。