本研究以145份宁夏水稻种质资源为参试材料,其中地方品种13份,自育品种(系)132份,通过表型性状与分子标记,对供试材料进行遗传多样性分析,结果表明：1、除一次枝梗外,株高、穗长、千粒重、每穗实粒数等其他19个数量性状间的差异均达到极显著水平,说明宁夏水稻种质资源间存在较大的表型差异。而颖壳色、颖尖色、谷粒形状等4个质量性状表现相对集中,差异较小。对差异极显著的19个数量性状进行主成分分析,得到8个主成分,累计贡献率达到88%,从中筛选8个主要性状,分别是每穗总粒数、单株籽粒总重、单株分蘖数、籽粒长宽比、结实率、株高、剑叶宽和干粒重。2、宁夏水稻种质资源20个数量性状的Shannon指数变幅在0.91～2.11之间,大部分性状的Shannon指数在1.5～2.0之间,表明宁夏水稻种质资源的整体差异性不大。13份地方品种的Shannon指数变幅在0.24～1.99之间,平均1.34,132份自育品种的Shannon指数变幅在1.20～2.12之间,平均1.83,变幅相对较小,表明地方品种与自育品种间有较大的表型遗传差异,自育品种间表型遗传差异较小,地方品种间表型遗传差异相对较大,可挖掘地方品种中的有利基因；3、利用UPGMA法对145份水稻种质资源材料进行表型聚类,在相似系数为0.90处可划分为5大类,第Ⅰ类和第Ⅱ类分别只有1个品种,分别是宁大15147和宁大143,第Ⅲ类中的29份自育品种都是高产品种,近64%的种质资源被聚在第Ⅳ类中,共计93份,大多数是近年来育成推广的一些品种(系),表明大多数自育品种的亲缘关系较近,而地方品种大多被聚在第V类,表明宁夏水稻地方品种与自育品种间遗传差异相对较大,亲缘关系较远。4、利用65对SSR引物对145份宁夏水稻种质资源进行基因型多态性分析,共检测到271个等位基因,等位基因数变幅在3-7个,平均4.1385个。有效等位基因数变幅为1.0001～-4.7647,平均2.6597,Shannon指数变幅为0.2449～1.8892,平均1.2150；Nei’s基因多样性指数变幅在0.2751～0.7467之间,平均0.5516,各个位点Nei’s基因多样性指数的大小顺序与Shannon指数基本相同,说明宁夏水稻种质资源的基因型遗传差异较小,多态性低。通过UPGMA法对145份水稻种质资源进行基因型聚类分析,在遗传相似系数为0.69处可划分为4类,第1类中有5个品种,全部是糯稻和香稻品种,第Ⅱ类、第Ⅲ类中各包含4个自育品种,说明这8个自育品种与其他品种的遗传距离较远。其余132份种质资源材料都聚在了第Ⅳ类中,说明宁夏水稻种质资源的遗传差异整体较小。群体遗传结构分析表明：宁夏水稻种质资源遗传距离较近,品种间差异性较小5、对宁夏水稻地方品种与自育品种进行基因型遗传多样性分析,结果表明：宁夏水稻自育品种与地方品种间基因型遗传差异较大。对自育品种与地方品种不同染色体上的多样性参数及染色体上每对SSR标记的Shannon指数分析表明,表明多态性并不是表现在整个染色体组上,而是在某些特定位点或者染色体的某一区段上。相似性分析表明自育品种与地方品种相似性较低,通过Nei无偏遗传距离构建Neighor-joining聚类分析地方品种与自育品种间的亲缘关系,结果表明：地方品种间的亲缘关系较近,且与早年的自育品种的亲缘关系较近,自育品种间的亲缘关系较近。