蝙蝠食性多样化水平较高,含有肉食者,植食者以及少部分杂食者类群,然而蝙蝠食性分化的分子基础尚不清楚。本研究以消化系统相关基因作为食性分子标记,分析了碳水化合物、蛋白质以及脂肪消化与吸收相关基因在食性不同蝙蝠类群中的适应性进化,通过分子方法重建了蝙蝠食性进化的历史。研究通过基因捕获测序技术获得了72个蝙蝠物种消化系统相关基因的编码区序列。这些蝙蝠隶属72属,14科,2个亚目,代表了现生蝙蝠的绝大部分高级分类单元。对于获得的编码区序列,采用PAML软件中的支模型、支位点模型对不同类群中的共90个基因进行正选择压力分析。结果显示,研究的11个祖先支中有8个进化支系检测到正选择信号,这表明消化系统相关基因在蝙蝠类群中发生了较广泛的适应性进化,其中在不同祖先支上正选择基因的数量和组成存在明显差异,这可能与不同类群的食物组成的多样性有关。翼手目祖先支上共检测到5个基因受到正选择,其中与蛋白质和脂肪消化吸收的基因数量有4个,而与碳水化合物消化与吸收的正选择基因仅有1个,这可能暗示现生蝙蝠的共同祖先主要以肉食为主。研究结果还显示,以植食为主的狐蝠科祖先支有2个与碳水化合物利用有关的基因受正选择,这提示该植食性类群增强了其碳水化合物的消化与吸收能力。本研究结果推测,祖先蝙蝠的食性主要为肉食,后来又次生性地进化产生了植食性蝙蝠类群。本研究从分子的角度上重建蝙蝠食性演变历史,从而对进一步理解蝙蝠的进化起源提供了启示。