TP53突变在肝细胞癌中的意义

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kg1ksmhz1
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背景:肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)在我国的发病率相对较高,且预后较差。即便最近这些年,HCC的治疗手段取得了显著的进步,但其预后仍然不够理想。因此寻找HCC诊断和治疗的潜在靶点以及探索与其发生发展和预后有关的分子标志物依然是非常必要的。TP53基因是目前人类研究比较深入的一种抑癌基因,其突变与恶性肿瘤的形成和预后都有关联。目的:本研究旨在探索TP53突变在HCC中的意义。我们将明确HCC中TP53突变的发生率,TP53突变与HCC临床病理特征和预后的关系,以及TP53突变对HCC治疗敏感性的影响。通过GSEA富集分析探索TP53突变型HCC在生物学过程和代谢通路上的特点。此外,我们将根据TP53的状态筛选出与HCC预后密切相关的分子标志物。资料和方法:本研究的资料主要来自TCGA数据库和GDSC数据库。通过TCGA数据库获得364例HCC的体细胞突变资料、377例HCC的临床资料(包括生存时间及状态、性别、年龄、病理分级和TNM分期)、374例HCC肿瘤组织的基因表达资料和50例HCC癌旁组织的基因表达资料。在R语言中运用Bioconductor包“Maftools”对HCC的基因突变信息进行分析。将样本中的TP53突变信息、临床病理特征、基因表达数据进行合并,运用斯皮尔曼相关性检验评价TP53突变与临床病理特征的关系。运用Kaplan–Meier曲线和log-rank检验评价TP53与HCC预后的关系。运用Cox回归模型的单因素和多因素分析进一步评估TP53突变是否为HCC预后的独立危险因素。根据TP53的状态,将HCC分成TP53突变型和TP53野生型,运用GSEA富集分析明确TP53突变型HCC在生物学过程和代谢通路上的特点。运用R包“edg R”筛选TP53突变型和TP53野生型HCC之间的差异基因,由差异基因建立蛋白互作网络,随后进行MCODE模块化分析得到网络中的核心基因,进一步评估核心基因与HCC预后的关系。通过GDSC数据库下载与HCC药物敏感性相关的火山图和散点图以及相应的数据,从而寻找敏感性与TP53突变有关的药物。结果:1.我们的研究发现在HCC中TP53突变发生率最高,发生率约为30%。2.斯皮尔曼相关性检验的结果显示TP53突变与HCC患者的性别和病理分级显著相关,在男性和更高的病理分级中TP53突变的频率显著更高,而与年龄和TNM分期没有显著的相关性。TP53突变与性别的相关系数为0.135(P=0.010),与病理分级的相关系数为0.219(P<0.001)。3.Kaplan-Meier曲线法和log-rank检验的结果显示TP53突变型HCC的总体生存期显著低于TP53野生型(P=0.008)。Cox回归模型的单因素分析显示TP53突变(OR=1.566,95%CI:1.046-2.344,P=0.029)和TNM分期(OR=1.682,95%CI:1.366-2.070,P<0.001)是HCC预后不良的危险因素,年龄(OR=0.172,95%CI:0.996-1.025,P=0.172)、性别(OR=0.150,95%CI:0.513-1.107,P=0.754)和病理分级(OR=1.100,95%CI:0.853-1.419,P=0.464)与HCC预后无显著的相关性。Cox回归模型的多因素分析显示TP53突变(OR=1.649,95%CI:1.071-2.540,P=0.023)和TNM分期(OR=1.714,95%CI:1.385-2.121,P<0.001)是HCC预后不良的独立危险因素。4.GSEA富集分析显示TP53突变型HCC主要在富集一些与细胞增殖分裂有关的通路上。5.根据TP53的状态我们将HCC分成TP53突变型和TP53野生型,在两组之间筛选得到了336个差异基因,随后由差异基因构建蛋白互作网络以及MCODE模块化分析,最终得到了16个和HCC预后显著相关的核心基因:CDC20、BUB1B、CDCA8、KIF20A、KIF2C、NDC80、PLK1、UBE2C、BIRC5、TTK、NCAPG、CENPA、CEP55、KIF4A、NUF2和HJURP。6.利用GDSC数据库的有关数据分析发现,与TP53野生型HCC相比,TP53突变型HCC对奥沙利铂、阿糖胞苷、索拉非尼和司美替尼的敏感性显著降低。结论:1.TP53基因在HCC中突变率最高,发生率约为30%。2.TP53突变与HCC的性别和病理分级显著相关,与HCC的年龄和TNM分期无显著相关性。此外,TP53突变与HCC预后不良显著相关。3.与TP53野生型HCC相比,TP53突变型HCC主要富集在一些与细胞增殖分裂相关的通路上。4.我们根据TP53的状态筛选得到了16个和HCC预后显著相关的核心基因:CDC20、BUB1B、CDCA8、KIF20A、KIF2C、NDC80、PLK1、UBE2C、BIRC5、TTK、NCAPG、CENPA、CEP55、KIF4A、NUF2和HJURP。5.与TP53野生型HCC相比,TP53突变型HCC对奥沙利铂、阿糖胞苷、索拉非尼和司美替尼的敏感性显著降低。这可以帮助HCC患者更科学地选择用药,为HCC患者的个体化治疗提供了新的依据。
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