运作管理理论和技术在企业已得到比较广泛的应用，对于提高企业的运作效率发挥了非常重要的作用，但在我国专科医院管理中还应用得很少。近年来，随着市场经济的深入、医疗体制改革的推进和我国加入WTO，专科医院面临前所未有的激烈竞争，在资源相对紧缺的情况下，只有向管理要效益才能提高医院的整体竞争力，使专科医院摆脱困境并实现跨越式发展。 本论文以我国专科医院为研究对象，依据企业运作管理相关理论和管理方法，综合运用文献综述法、对比分析法、个案分析法和系统分析法等方法，重点探讨了专科医院运作管理中存在的问题及其对策，目标是找出提高专科医院运作管理绩效的对策。从基本特征分析，我国专科医院运作管理在人员、体制、环境等方面均呈现出不同的“专科”特点。专科医院运作管理的总体目标在于提高运作管理的绩效，核心目标是提高运作效率和运作效益。 我国专科医院运作管理经历了产生前期、萌芽期、初步发展期和加速发展期四个阶段。通过现状分析，发现目前专科医院运作管理存在的核心问题是运作效率和运作效益不高，具体表现为：组织结构不合理、人力资源运作效率低、流程不优化、信息化建设落后、成本控制不力和医疗质量管理机制不健全，形成了中外专科医院在这四个方面的差距。提高专科医院运作管理绩效必须紧紧围绕提高运作效率和运作效益两大目标来实施。提高运作效率的主要对策是组织结构优化、提高人力资源运作效率、流程优化和加强信息管理系统建设；提高运作效益的主要对策则包括有效实施成本控制和提高医疗服务质量两方面。其中：组织结构优化的重点是要实现组织结构由结构型向功能型转变、由纵高型向扁平型转变、由“大而全”向“小而精”转变和由直线型向网络型转变；在人力资源运作方面重点是要合理配置人力资源和进行有效的激励；流程优化的重点是物流优化和服务流程优化，引入现代的流程管理技术；信息管理系统建设的重点是要加大投入、科学规划及有效维护与改进；成本控制的重点是加强成本意识、完善成本核算机制、建立成本控制的激励机制和实施后勤服务社会化；在提高医疗服务质量方面重点要完善质量管理的组织和人员架构、加强制度建设、全面实施标准化管理和持续质量改进。 此外，从专科医院的个案分析看到，其运作管理曾经存在人员结构不合理、科室空间设置不科学和成本控制机制不健全等问题，经过有效实施人才规划、流程再造和完善成本控制机制等对策，这些问题已经得到较大的改善，其运作效率和运作效益都得到了明显的提高.