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猪的脂肪组织是机体储存能量的重要场所。在猪的育种计划中,背膘厚度(Backfat thickness,BFT)是猪的重要经济性状,主要由皮下脂肪沉积决定。脂肪沉积不仅影响猪的生长性能,而且与许多疾病的发生密切相关。越来越多的研究表明基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)和多聚腺苷酸化位点(polyadenylation sites,PASs)在许多生物学过程中起着至关重要的作用,但是目前鉴定的皮下脂肪相关的linc RNAs和PASs还很少,二者在皮下脂肪沉积中的功能及分子机制还不清楚。因此,本研究利用公开的猪皮下脂肪RNA-seq数据,进行了linc RNAs和PASs在皮下脂肪中序列特征、表达规律等鉴定,并进行了功能的初步分析,获得的结果如下:(1)通过本实验室之前建立的分析流程共鉴定得到1,308个linc RNAs,其中有277个是新鉴定的linc RNAs。和m RNA相比,鉴定得到的linc RNAs具有较短的转录本长度、较低的表达水平、较少的外显子数目和较长的外显子长度;(2)使用cis和trans调控方式预测差异表达linc RNAs(differentially expressed linc RNAs,DELs)的潜在靶基因,发现其包含了PNPLA4、PRKCB、GPIHBP1等参与脂肪形成和脂质分解代谢等相关过程的基因。并对DELs进行了数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)定位分析,9个DELs获得了602个QTLs,有153个是肥胖性状类型(Fatness)的QTLs,在该性状类型中绝大多数是皮下脂肪相关的QTLs,且每个DEL都落在了肥胖性状类型(Fatness)的QTLs上;(3)通过对linc RNAs和蛋白质编码基因进行加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)共获得21个基因模块,根据模块和性状的关系得到两个关键模块,即purple模块和green模块,并分别筛选出3个和2个核心linc RNAs。对这两个关键模块内的蛋白质编码基因进行富集分析后发现其参与了与脂肪沉积相关的生物学过程和通路,包括脂肪细胞中脂解的调节和胰岛素信号通路等;(4)利用RNA-seq数据共鉴定得到12,370个PASs,对应10,450个高可信度的PAS clusters。有4,641个(约44.41%)PASs注释到了3,176个基因上,其中942个基因(约29.66%)至少包含两个及以上的PASs,即选择性多聚腺苷酸化事件(Alternative polyadenylation,APA)。对APA基因内相邻PASs的距离进行分析,发现大多数相邻PASs之间的距离都小于1kb;(5)通过皮尔逊相关性分析,发现瘦肉组(lean)、中型组(intermediate)和肥胖组(obese)基因表达量和相应基因内PAS数量及PAS利用率均呈现弱的正相关。瘦肉组(lean)和肥胖组(obese)间有49个差异利用率的PASs,对应21个蛋白质编码基因,富集分析结果表明这些基因参与了胆固醇结合等生物学过程。综上,本研究对猪皮下脂肪RNA-seq数据进行分析,鉴定出linc RNAs和PASs并完成初步的功能分析,有助于改善当前猪linc RNAs和PASs的注释,为进一步探索猪皮下脂肪沉积的表观遗传学机制和转录后修饰机制提供资源。