国有自然资源资产管理机构是为解决现实中全民所有的自然资源资产所有权人不到位的问题,根据“所有者与管理者分开”和“一件事由一个部门管理”的原则设立的。尽管这一机构的名称、组织形式尚无定论,但其设立意图及目的是明确的。合理的职能配置是实现国有自然资源资产管理机构设立目的的重要保障。目前,国有自然资源资产的管理涉及诸多部门,形成横向适度分离,纵向相对统一的特点,现行法律未对国有自然资源资产及其职能配置进行直接规定。但现实中,现有管理部门在职能配置的过程中未严格区分所有者职能与监管者职能,造成了各职能之间的冲突,引出了现有管理部门的职能配置问题。职能配置问题产生的原因主要是相关理论研究的局限以及现有管理制度的不足。现有管理部门在职能行使过程中过分重视国有自然资源资产的经济价值,而忽略其生态价值,粗犷使用等造成国有自然资源资产的损失,这一定程度上是对自然资源属性认识不清造成的。另一方面,对国有自然资源资产认知的歧见也限制了现有管理部门的职能行使范围,不能从整体上进行管理。而现有的国有自然资源资产管理模式的不健全则直接导致了所有者职能与监管职能之间的冲突。现有管理部门在职能行使过程中所暴露出来的问题是管理机构职能配置过程中所要重点关注的,除此之外,管理机构的职能配置还有诸多考量因素。针对国有自然资源资产的经济属性和生态属性,将其区分为经营性资源资产和公益性资源资产,并制定相应的管理目标,以实现更好的管理效果。同时明确管理机构的管理范围,并厘清其于自然生态监管机构的分离关系,合理区分两者的职能。在对现有管理部门职能行使过程中的问题及其成因有了准确把握后,结合管理机构职能配置的考量因素,按照管理机构职能行使的对象及侧重不同,将管理机构的职能分为内部职能和外部职能。内部职能侧重于对所拥有的资产的管理,其对象是国有自然资源资产本身,包括调查职能等。外部职能侧重于对国有自然资源资产的监督,其所指向的对象是国有自然资源资产的使用者以及其他主体,其职能包括代表职能等。