大型科学仪器设备装备水平是一个国家科技创新能力的体现,大型科学仪器设备是培养人才重要的物质保障。近年来,随着科技的进步和经济突飞猛进的发展,我国大型科学仪器设备数量不断增多,大型科学仪器设备在科技发展中扮演的角色越来越重要。但是随着仪器设备数量的增多,大型科学仪器设备布局不均衡等配置和使用方面的问题也随之而来,有些仪器设备处于过度繁忙状态,超负荷使用,有些仪器设备长期处于闲置状态,造成资源浪费。科学仪器设备配置和使用不合理会影响我国科技创新能力提高,制约科技进步。近年来,如何有效的进行大型科学仪器设备配置也困扰着政府财政和科技发展部门。大型科学仪器设备合理使用和配置问题的研究具有重要的理论和现实意义。本文从大型科学仪器设备的特点出发,结合当前我国大型科学仪器设备的布局情况,以设备利用率作为衡量大型科学仪器设备配置合理性的判断指数,按照利用率的大小,将我国科学仪器设备配置情况分为配置不足,配置适量和配置过量三种情况。设备配置不足和设备配置过量属于设备配置不合理情况,本文针对两种设备配置不合理情况分别提出大型科学仪器设备配置不合理的经济分析模型。以经济分析结果为依据,设计两种配置方案：一是当计划配置的设备数量小于备选地区数,采用0-1配置方案；第二种是当计划配置的设备数量大于备选地区数时,采用两阶段配置方案,第一阶段是公平驱动配置,第二阶段是效率驱动配置。运用社会力模型进行配置优化。最后利用论文中提出的经济分析模型和资源配置优化模型对我国东部地区的16个省市的生物和医药领域的大型科学仪器设备配置进行实证分析。该区域科学仪器设备布局各地区间存在较大差异,在经济性分析的基础上进行资源优化配置,使区域设备配置更趋于合理化。