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本文对应用液质联用方法分离鉴定蛋白质组的多肽洗脱条件及鉴定的多肽性质进行了系统的分析研究。利用牛血清白蛋白酶切后产生的多肽混合物，应用反相液相色谱和电喷雾离子阱质谱联用的方法进行鉴定，确定多肽适宜的色谱洗脱条件，用马细胞色素C的酶切肽段对洗脱条件进行进一步验证，并确定液质联用方法的灵敏度。同时，本文对被鉴定的多肽性质进行了系统的分析。本实验表明胰酶酶切多肽的适宜乙腈洗脱梯度为5—30％，应用液质联用方法其鉴定灵敏度可以达到50fmol。对相应多肽性质分析表明，较长(长度在10个氨基酸以上)及带两个正电荷的多肽更易于被鉴定。本研究中所鉴定的多肽呈现出三种类型的重复鉴定即冗余性，(1)鉴定冗余：一种电荷状态的一个多肽被重复鉴定；(2)电荷冗余：几种电荷状态的同一多肽被重复鉴定；(3)序列冗余：由同一多肽产生序列上差一个或几个氨基酸的多个多肽重复鉴定。