高校科研活动作为国家开展科研活动的重要骨干力量,随着国家对科研的重视也越来越受到重视,近年来一些科研经费丑闻的曝光使得人们对高校科研经费绩效审计重视起来。目前我国高校科研经费绩效审计的理论框架与客观现实脱节,同时也缺乏足够的具体实践,存在大量人为因素,定性评价多、定量判断少,不能真实反映科研经费的使用效率,亟待进一步补充完善。本文构建的高校科研经费绩效审计评价指标体系,可以有效减少人为因素干扰,得出客观的定量结论,具有较好的可操作性。论文首先对我国当前高校科研经费绩效审计评价指标体系进行了简要的描述,接着分析存在的问题,其次运用平衡计分卡理论,根据高校的科研目标、层次定位、整体科研战略规划等,确定评价的标准和重点,确定定量指标,运用层次分析法(AHP)和德尔菲法,构建评价指标体系,确定体系中各项指标的权重,最终计算得出被审计单位W大学科研经费绩效审计的量化得分,对比评分标准进行结果分析,给出相应的对策建议。本文的创新点在于将平衡计分卡理论引入到高校科研经费绩效审计,结合我国高校的实际情况,把高校科研经费绩效审计评价提升到高校战略发展层面,将高校的战略设定、实施、绩效评价有机结合起来,明确高校科研经费管理与使用方向,为提高高校科研经费使用效率提供新思路。