基于数据分析N-cadherin在肝癌中的表达及N-糖基化位点突变体的构建

来源 :哈尔滨工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhou101302
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在癌细胞中经常会检测到蛋白质上的糖基化情况发生改变,肿瘤发生时,糖基化发生异常从而导致糖蛋白上发生糖链结构或者糖链数目上的改变,脂类分子上也存在此种现象导致糖脂中的糖链发生改变;除此之外,和糖链存在相互作用的糖结合蛋白(GBPs)的表达情况也会发生改变。细胞表面的糖蛋白会参与到许多重要的生物学过程中,其上的糖基化作用对于糖蛋白功能具有重要影响;研究表明,糖蛋白上异常糖基化作用会引起肿瘤细胞侵袭迁移能力发生改变等肿瘤恶性表型。神经型钙黏附蛋白(N-cadherin)作为上皮-间充质转化(EMT)的一种标志物、钙粘蛋白家族的重要成之一,临床研究表明,N-cadherin主要定位于细胞膜以及细胞连接部位,其功能主要是介导细胞间的黏附作用,虽然N-cadherin是一种典型的糖蛋白,但是对于其上的糖基化研究尚不明确,因此研究N-cadherin上的糖基化作用对于癌症的具体影响具有重要意义。本研究基于数据对N-cadherin在正常人体和癌症病人同一器官内的表达情况进行分析,发现与正常人体相比,癌症患者部分器官N-cadherin表达量出现变化。对N-cadherin在肝癌和癌旁组织中mRNA水平的表达情况进行比较分析,发现与癌旁组织相比,肝癌中N-cadherin呈现mRNA水平高表达,但N-cadherin在肝癌中的研究较少,其上的糖基化作用对于肝癌的癌变过程是否有影响仍然不明确。随后本研究进行了N-cadherin对肝癌预后分析,探究N-cadherin的表达情况是否会影响肝癌患者的预后,发现在肝癌患者中,N-cadherin高表达患者比N-cadherin低表达患者的生存时间短。为更好的了解N-cadherin在肝癌中的功能,基于数据对N-cadherin在肝癌中的相关基因进行了富集分析,首先进行了mRNA水平相关基因分析,发现在肝癌中与N-cadherin存在mRNA水平相关性的基因有700多个,随后进行了蛋白质水平相关基因的富集分析,无论是在mRNA水平还是在蛋白质水平进行相关基因的富集分析,在肝癌中N-cadherin相关基因参与到许多重要的生物学过程中,N-cadherin的相关基因与黏附通路、蛋白酶体降解等重要途径密切相关。为探究N-cadherin的糖基化对肝癌究竟有怎样的影响,本研究首先在肝癌中对N-cadherin的突变情况进行分析,发现在肝癌中N-cadherin发生基因突变的概率较低,蛋白质结构域发生突变的可能位点较少,推测在肝癌中N-cadherin更可能是依靠转录后修饰过程发挥作用。接下来,对N-cadherin N-糖基化位点进行预测,发现N-cadherin上存在190、273、325、402、572、622、651、692八个潜在的N-糖基化位点,根据网站预测出的潜在位点设计定点突变引物,以pCMV-Flag载体为空载构建出8个N-糖基化单位点突变重组体以及8个N-糖基化位点全突变重组体,随后对已构建出的重组质粒进行鉴定。综上所述,与正常人体相比,在癌症病人体内同一器官N-cadherin的表达量有所不同;与癌旁组织相比肝癌组织中N-cadherin呈mRNA水平的高表达;并且N-cadheirn高表达会对肝癌患者的预后产生重要影响;肝癌中N-cadherin相关基因与黏附通路、蛋白酶体降解途径密切相关。通过对肝癌中N-cadherin的基因突变情况以及蛋白质结构域突变情况进行分析,发现N-cadherin在肝癌中可能是依靠翻译后修饰发挥作用,因此构建了N-cadherin潜在的N-糖基化位点突变重组体,为后续研究N-cadherin上N-糖基化对肝癌细胞的影响奠定基础。
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