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三尖杉、罗汉松和珙桐均属于热带或亚热带植物,三尖杉和罗汉松为裸子植物,珙桐属被子植物,均为国家保护植物,由于3种植物都有良好的药用价值。近年来被大量的砍伐,野生种质资源破坏严重。为了科学地保护这些种质资源,本文以三尖杉、罗汉松和珙桐根、茎、叶、果等不同组织中分离的274株内生真菌为实验材料,根据菌落的颜色、质地、生长速率和分生孢子外观等形态学特征,对这些菌株进行了形态学鉴定。274株内生真菌中,75株内生真菌在人工培养基上不产孢子,经菌落形态对比分析表明其中的22株疑似拟茎点霉属,经诱导实验成功产孢2株,鉴定为拟茎点霉属(Phomopsis)。221株内生真菌鉴定为子囊菌亚门(Ascomycotina)和半知菌亚门(Deuteromycotina)2个亚门的4纲,5目,10属,其余53株不产孢内生真菌待鉴定。采用特异性PCR对所有菌株的核糖体转录间隔区(ITS,Internal transcribedspacer)片段进行扩增,获得600bp左右的单带,以4种限制性内切酶(HinfⅠ,HhaⅠ,MspⅠ,PstⅠ)对扩增的ITS片段进行限制性酶切片段长度多态性RFLP(Restriction fragment length polymorphsim)分析,结果显示出丰富的RFLP多态性,对三种植株的内生真菌酶切图进行聚类分析,三尖杉内生真菌RFLP有42个带型,罗汉松内生真菌为40个带型,珙桐内生真菌的酶切带型为36个。根据RFLP分析和形态学鉴定结果,从3种植物内生真菌中选取相似水平低、形态差异大的18株内生真菌进行了ITS碱基序列测定,最终确定274株内生真菌属于2个亚门,4纲,6目,11属,一个待定菌株和无孢菌群。与形态学鉴定结果大体相符。这些研究结果表明三尖杉、罗汉松和珙桐内生真菌的属和种丰富,表现为热带真菌类型,优势属为刺盘孢属、曲霉属、小丛壳属;其中的小丛壳属是首次从三尖杉科植物中分离。本文的研究结果提示三尖杉、罗汉松和珙桐内生真菌有丰富的遗传多样性,构成复杂的微生态系统,为后续研究奠定基础。