爆发于2020年初的新冠肺炎疫情迅速扩散到世界各国,引发了一场全球范围内的重大突发性公共卫生安全事件。这一重大事件表现出影响深远、危害严重、时间跨度大等特点,既严重危害了各国人民的身体健康与生命安全,也对政府日常治理工作提出了更高要求,更是对其应急管理机制的科学性与有效性带来了巨大考验。具体到我国,地方政府是国家治理体系的核心构成要素,同时也是应急管理体系的关键环节,因此其管理水平很大程度上决定了国家总体治理水平。在体制改革的推动下,虽然地方政府的行政效率和管理水平得到了巨大提升,充分保证了各类突发性公共事件的应对水平,但是仍然存在较多的问题尚未得到有效解决,对应急管理效果造成了不利影响。针对这一客观现实,开展联防联控机制的研究工作将表现出显著的理论价值与实践价值,对于提升地方政府执政能力与应急响应能力表现出显著意义。本文以广东省S市新冠肺炎疫情应对为例,采用文本分析法、访谈法和比较分析法,梳理S市在新冠肺炎疫情联防联控机制的运行现状,包括构建疫情联防联控组织体系、处置疫情防控信息、因地制宜制定防控应急预案和实施多部门联动的疫情处置机制等四个方面。但是通过访谈和分析,S市在新冠肺炎疫情联防联控机制中仍存在职能碎片化和分工不清、信息传播偏差、应急预案操作性不强和主体责任分配不明晰等问题,而造成这些问题的原因则是职能配置与整合机制不合理、信息共享机制不完善、行为耦合机制缺失和责任共担机制不健全。结合S市实际情况以及分析,地方政府需从健全职能配置与整合机制、完善信息共享机制、建立行为耦合机制和优化责任共担机制四个方面对重大突发公共卫生事件联防联控机制进行优化,为进一步加快推进市域社会治理现代化建设,构建科学高效的重大突发公共卫生事件应急管理体系提供参考。