阉牛、公牛背最长肌消减cDNA文库的构建和差异表达基因的筛选与鉴定

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骨骼肌是动物体内最丰富的组织,其生长发育是肉用家畜最重要的经济性状之一。经去势后的阉牛与公牛相比,生长速度减缓,体脂累积加速,肌内脂肪增加,肉的嫩度增加,提高了牛肉等级。随着人们对基因结构和功能的研究深入,人们认识到这些差异应是基因差异表达的结果。为进一步揭示不同类型个体间基因的表达规律,本研究选取了相同月龄、同一饲养条件下的3头中国西门塔尔牛阉牛和3头中国西门塔尔牛公牛,以背最长肌为材料,利用抑制消减杂交技术构建了阉牛和公牛背最长肌间的消减cDNA文库,进行了差异表达基因的筛选,并结合定量PCR和生物信息学方法进行鉴定,取得了如下结果:1.饲养和屠宰实验表明,育肥后公牛体尺、胴体性状均高于阉牛,其中体斜长、出栏重、屠宰重、胴体深、胴体重,臀肉、前腿肉、差异显著(P<0.05);里脊、上脑差异极显著(P<0.01)。肉质性状分析表明,公牛眼肌面积、大理石花纹评分、Zn含量高于阉牛,差异显著(P<0.05);而脂肪颜色、背膘厚、水分、Ca含量阉牛高于公牛,且差异显著(P<0.05)。2.以管家基因β-actin作为消减指标,对消减文库的消减效率进行了检测,结果表明消减文库的消减效率达25倍以上,这同时也表明了某些特异于两种肌肉组织的差异表达基因的富集效率也达25倍以上,表明所构建的消减cDNA文库质量很好。3.从以阉牛为Tester、公牛为Driver的消减cDNA文库中随机挑取了300多个克隆。利用PCR技术进行鉴定,获得了223个有效阳性克隆,插入片段长度主要分布于150~700bp之间。4.分别利用阉牛、公牛背最长肌cDNA作探针对消减cDNA文库中的阳性克隆进行了筛选。选取了84个差异表达克隆进行分析,发现共代表10个ESTs,在牛中均为已知基因。5.选取其中4个差异表达基因ACTG2、TPM2、IGF-1、HSL进行定量PCR的验证和组织表达特征检测,结果表明均为差异表达,且在肌肉、肝脏和脂肪组织中呈现表达量的差异趋同性,这些基因的表达特异性可能与其在阉牛和公牛骨骼肌发育中的功能密切相关。6.利用CLUSTAL W等软件对牛ACTG2、TPM2、IGF-1、HSL基因结构、所编码的蛋白质结构、功能等特征进行了预测和分析,并进行了分子系统进化树的构建。
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