随着科学技术的不断发展,社会生活、社会关系也愈发趋向复杂,这对政府治理水平提出了新的要求。由于专家在知识与技术方面的专业优势,各国政府均在治理过程,尤其是决策过程中愈发重视专家意见。专家决策咨询作为一种正式化、制度化的专家参与方式已然成为促进政府决策科学化、提高政府治理水平的重要抓手。但同时专家决策咨询的参与效果也在不同程度上存在一些问题,主要原因在于政府部门尚未对专家决策咨询的参与制度形成完整、统一、规范的理论认识与实践部署。本文基于专家决策咨询的内涵、有限决策理论、中国全过程人民民主理论、制度嵌入性理论,从“宏观制度——中观体制——微观机制”对专家决策咨询的指导意义出发,构建了专家决策咨询制度“价值目标——权位关系——具体规则”的应然结构,对通常模式下专家决策咨询的多案例进行剖析,为完善我国专家决策咨询制度提出建议。本文认为专家决策咨询制度的应然结构包括:价值目标上科学性与民主性价值的相辅相成;主体间形成政府领导决策、专家主导咨询、民众协同参与的基本权位关系;具体规则上保证制度初始规则、制度运转规则、制度调控规则要素健全。据此,本文基于代表性、典型性、可行性的原则选取温岭参与式预算改革、新医改、“三峡集锦”的修建与拆除、厦门PX事件四个案例进行分析,发现我国专家决策咨询制度存在价值目标未完全落实、主体权位关系未充分形成、具体规则未得以健全的问题。这些问题的产生由科学性与民主性价值之间的张力、决策体制开放程度有待加强、制度具体规则结构性失衡所致。完善我国专家决策咨询制度应坚持宏观层面制度价值目标引领、构建中观层面合理主体权位关系、保证微观层面具体规则要素健全。