北祁连玉石沟地区位于青藏高原北缘北祁连构造带内，大地构造位置上夹于阿拉善地块与柴达木地块之间，是古洋盆研究的热点地区。研究区奥陶纪阴沟群地层可分为两段：碎屑岩组、下火山岩组。目前该地区奥陶系与石炭系间为角度不整合接触关系；与蛇绿混杂岩及下伏托赖岩群呈逆掩断层接触关系。阴沟群内发育较多破裂带，多处出现硅化、褐铁矿化、黄铁矿化，给该地区找矿有较大的指示意义。玉石沟附近硅质岩岩石地球化学特征为：玉石沟（西沟）4块样品Al/（Al+Fe+Mn）平均比值为0.56，Al/（Al+Fe）平均比值为0.57，（La/Yb）_SN值平均为0.89，δCe_SN平均值为0.88，δEu_SN平均值为1.15，北美页岩标准化稀土元素配分曲线表现为平坦型，球粒陨石标准化稀土元素配分曲线表现为明显右倾的LREE相对富集配分模式；玉石沟7块样品Al/（Al+Fe+Mn）平均比值为0.60（剔除受热液影响的样品YSG-7），Al/（Al+Fe）比值0.61，（La/Yb）_SN值平均为1.2，δCe_SN平均值为0.93，δEu_SN平均值为1.08，北美页岩标准化稀土元素配分曲线表现为平坦型，球粒陨石标准化稀土元素配分曲线表现为明显右倾的LREE相对富集配分模式。这些比值特征反映与玉石沟俯冲杂岩共生的硅质岩成因的构造背景是部分靠近、部分远离陆源的大陆边缘或者其周围的深海盆地，为多岛洋的构造背景。