区域科技、经济、生态协调发展是解决我国不平衡不充分发展的重要途径,以往对区域科技、经济、生态协调发展的研究多从三系统的规模数量角度入手,评价较为片面。为此,结合统计分析、定量模型和定性分析方法创新科技-经济-生态协调性评价指标体系,构建科技、经济、生态综合指数模型,在此基础上,对2009-2016年我国东、中、西、东北地区科技、经济、生态之间的协调性进行对比分析,提出相应的对策建议。研究结果表明:(1)科技创新水平依东、中、西、东北地区递减,但东部地区技术进步情况相比中、西、东北地区较弱,东、中部地区存在科技资源配置结构不合理问题,西部地区科技投入不足问题较为严重,东北地区无论科技资源配置结构不合理问题还是科技投入不足问题都较为严重。(2)经济社会发展水平整体上东部地区远高于中、西部地区,东北地区最为落后。(3)生态环境建设方面,环境污染严重度及环境治理投资力度依东、中、西、东北地区递减,但环境约束力依不同资源区域间各有优势。(4)科技、经济、生态协调性方面,整体上东部地区优于中、西部地区,中、西部地区优于东北地区,但东部地区生态系统与其他系统的协调度上存在下降问题,中、西、东北地区则在大部分情况下实现了逐年增长。结合科技、经济、生态系统规模情况分析可以发现,东部地区三系统协调度及协调发展度不够理想的原因在于,科技和经济的高速发展与生态环境治理较为缓慢所造成的科技创新水平、经济社会发展水平与生态环境建设水平之间的一定差距;中、西部地区三系统间较高的协调度和较低的协调发展度的原因在于,科技、经济、生态三系统的同步缓慢发展;东北地区三系统的协调度和协调发展度都极低则是由,科技系统和经济系统相对其他地区的发展迟缓度,超过生态系统优于其他地区的程度造成的。