政府绩效审计的雏形产生于二十世纪四十年代，西方发达国家为恢复战后整体经济水平，先后开展了对绩效审计的理论研究和实践应用。尤其是在七十年代以后，随着经济发展方式和政府管理模式的改变，政府绩效审计得到了广泛关注和高度重视，审计模式也由传统的财务审计模式发展为传统财务审计与现代绩效审计并存的模式，绩效审计逐渐成为西方发达国家审计工作的重心和主要内容。在美国、瑞典、加拿大、澳大利亚等国家，政府绩效审计得到了快速的发展和广泛的推广，并成为了衡量审计是否进入现代化的重要标志。我国对于政府绩效审计的研究起步比较晚，但随着公共受托责任理论和新公共管理理论的出现以及我国政府行政职能的转变，社会各界开始了对政府部门工作绩效的关注，监督并审查政府部门对公共资源和社会财富的利用和管理是否具备经济性、效率性和效果性，并要求政府明确和强化社会责任，提高工作效率，由此，政府绩效审计在我国也逐步开展起来，并成为了我国审计事业的未来发展方向。近几年，我国在借鉴发达国家先进经验的基础上，对政府绩效审计的理论研究和实践应用取得了很大进步，但横向比较来看，与西方国家还存在很大的差距，审计过程中还存在很多问题，并且没有坚实的法律基础作保障，使得政府绩效审计缺乏一定的权威性。在研究内容上，国内学者通常只是对政府绩效审计的一个方面进行研究，如政府绩效审计模式研究、政府绩效审计评价标准研究、政府绩效审计的职能研究等，并未形成全面的、完整的理论体系，现有的研究成果也缺乏统一性和连贯性。因此，如何推动我国政府绩效审计快速健康发展，成为理论界与实务界共同关注的焦点，政府绩效审计的研究也成为当前我国审计研究的重点内容。本文通过对绩效审计基础理论的介绍，明确了绩效审计的概念、特点和具体内容，在大量阅读文献的基础上，吸取国外政府绩效审计先进的研究经验，结合我国当前的实际情况，并以吉林省专项资金的绩效审计为例，深入分析了政府绩效审计在我国发展过程中存在的问题，如：审计人员专业胜任能力尚未达到政府绩效审计的要求；现行审计体制削弱了审计主体的独立性；绩效评价体系不完善，绩效评价指标模糊；审计方法单一，并且仍以传统财务审计方法为主；审计结果透明度较差等，并提出了推动我国政府绩效审计又好又快发展的对策和建议：我国应优化审计体制，改善审计环境；加强审计队伍建设，提高审计水平；明确绩效评价指标，完善绩效评价体系；全面推行审计公告制度，强化审计监督；创新审计方法，提高政府绩效审计的质量和水平，以此来推动政府绩效审计在我国大范围深入开展。