公平竞争审查制度是一项防止政府滥用行政权力排除、限制市场竞争的制度。现阶段,此制度存在很多不足。第一,对于涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件和其他政策措施,规定需由制定机关进行公平竞争审查。因为制定机关同时是审查的责任主体,故审查责任主体过于狭隘化。第二,现有立法仅规定了自我审查一种审查方式,难以保证审查结果的公正,故审查方式过于保守化。第三,现有立法仅笼统规定了四大审查标准和一项适用例外,当某项政策措施含有限制或排除市场自由竞争的因素,却不属于既有的审查标准中的任何一项时,此时审查主体会因无法找到能够予以适用的审查标准而允许其出台,故现行审查标准不全面。第四,实践中审查主体往往怠于开展公平竞争审查工作,故此制度缺乏审查激励机制。第五,目前我国的此制度尚未实现法律化,说明此制度的现有立法效力位阶过低。针对前述不足,可以从以下几方面加以完善:在审查主体上,建议将政策制定机关的上级行政机关作为审查的内部责任主体,以扩大审查责任主体范围。在审查方式上,建议借鉴韩国的竞争影响评估制度,引入外部审查机制作为补充,适度推进第三方评估。在审查标准上,建议分别进行必要性判断、合法性审查和合理性分析,以进一步明确审查标准。在借鉴澳大利亚的国家竞争政策的基础上,建议通过设置奖励资金和精神激励等方式来建立此制度的审查激励机制。为解决现有立法效力位阶过低的问题,建议将此制度纳入拟修订的《反垄断法》,使得该制度实现法律化,以更好的保证公平竞争审查制度的长期有效实施。