生长、屠宰及肉品质性状是肉鸡产业重点关注的性状,生长速度、产肉性能及肉品质直接影响产业的经济效益。随着科技的飞速发展,传统育种方法与现代生物技术相结合,将大大缩短育种周期,这也成为当前育种工作的重点。目前关于肉鸡生长发育规律和经济性状遗传机理的研究越来越多,研究的成果正逐步解析这些性状形成的分子奥秘。因此,针对鸡复杂的性状选择合适的研究方法成为科研工作者突破创新必经之路。RNA-seq技术在转录组学研究方面,具有高效快捷、精确度高、技术成本相对较低的优点,可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行全局性检测,它不仅能够分析转录本结构和表达模式,而且还能精确识别cSNP(编码序列单核苷酸多态性)以及可变剪接位点,因此,被认为是研究复杂性状最有效的工具之一。本研究以金茅黑鸡(A系)为试验动物,在生长期采取2周龄、6周龄、10周龄(接近生长拐点)和14周龄(上市日龄)胸肌样本,利用RNA-seq测序和基因共表达研究方法,探索金茅黑鸡生长过程中全基因组范围内基因表达的变化情况,筛选出不同生长阶段特异性基因;在14周龄对金茅黑鸡进行群体屠宰,采取胸肌组织,测定体重、屠宰性状和肉品质性状并进行转录组关联分析,以期揭示影响金茅黑鸡A系复杂性状的分子遗传标记以及遗传机理,为金茅黑鸡生长发育规律以及重要肉用性状形成的分子机制提供参考依据。主要研究结果如下:1.金茅黑鸡生长规律的研究发现Compertz模型拟合金茅黑鸡生长曲线的拟合度达到0.999以上,确定金茅黑鸡生长拐点为11.12周龄,拐点体重为979.6g,该模型下的拟合结果与金茅黑鸡生长的实测值较为接近。2.对4个生长阶段两两比较RNA-seq测序结果共发现差异表达基因2341个,其中上调基因930个,下调基因1411个。W2_vs_W14的差异基因最多共699个,W2_vs_W6的差异基因最少共107个(FC≥2,FDR<0.05)。3.在不同生长时期,利用基因共表达分析鉴定了 4个时期的阶段特异性模块,每个时期鉴定出特异性模块1个,对特异性模块内的重要基因进行功能富集分析,发现2周龄特异性模块基因在ECM-受体相互作用、肾素-血管紧张素系统和ErbB信号通路均显著富集(P<0.05)。在6周龄模块中,吞噬体、肌动蛋白细胞骨架的调控和MAPK信号通路显著富集(P<0.05)。在10周龄模块中,吞噬体、TGF-β信号通路和MAPK信号通路显著富集(P<0.05)。在14周龄模块中,ECM受体相互作用、粘着斑和胰岛素信号通路显著富集(P<0.05)。这些pathway在金茅黑鸡生长和胸肌发育过程中发挥着重要的调控作用。4.四个生长阶段特异性模块中,将FGF22、NRG1和SCD等作为2周龄金茅黑鸡生长发育相关的重要基因,FGF16、APLNR1和NGFR等作为6周龄生长发育相关的重要基因,FGF10、SOCS2、CTSG作为10周龄生长发育相关的重要基因,ACSL1、PRKCE和PP1R3C作为14周龄生长发育相关的重要基因。对这些基因的功能分析发现,每个生长阶段不同的基因起到重要的调控作用。5.14周龄体重转录组关联分析结果共发现9个显著相关的表达基因,包括BRDT、BPIFB4、NUP107、CFAP65、MC4R和CCDC152等。MC4R基因作为影响体重的候选基因,对金茅黑鸡的生长发育起到了重要的调控作用。NUP107基因作为影响体重和屠体重的共同候选基因,它通过调节核质间的物质运输,参与生物的多种生长发育过程。CCDC家族基因在关联分析中被鉴定出来,CCDC152基因与14周龄体重也显著相关。6.与屠宰性状显著相关的基因共发现28个,其中与半净膛重显著相关的基因有SRP68、PAXIP1,与全净膛显著相关的基因GAK,与头重显著相关的基因有SPAG4、ASB2和PKHD1等,与翅重显著相关的基因有GAK、NSUN6和C70RF72等。GAK基因作为翅重和全净膛重显著相关的共同候选基因,在调节受体运输中以及受体信号和功能方面起着关键作用,可能影响金茅黑鸡生长后期的翅重和全净膛重。CCDC家族的其它基因例如CCDC89基因与头重显著相关,CCDC65与肌胃重显著相关。ACSL4基因和肝重、脾重显著相关,可以作为肝重、脾重的候选基因进一步研究。7.肉品质性状的转录组关联分析结果显示FFAR4和TXK等基因作为肌苷酸含量的候选基因,待进一步研究。PLEKHS1、MUC等基因的表达可能影响肉色。在系水力的研究中,LHX9、SPDEF、GRXCR1等基因作为系水力的候选基因,但在家禽的研究中未见有报道。肌肉pH值的候选基因方面,NPY、POMC、FGF20、MGAT4C和GUK1基因鲜有报道,这些基因在调节脂类代谢、糖代谢过程和磷酸二酯酶水解同时可能影响肌肉pH值的变化。HS6ST3、EDAR基因作为肌肉剪切力(嫩度)的候选基因,与肌肉纤维和肌间脂肪的沉积有关进而间接影响肌肉的剪切力。