近年来随着我国在经济发展建设中不断提出区域性的经济规划,区域经济发展已经成为我国中央政府乃至地方政府高度重视并不断致力完善的问题。地方政府也期望国家的重视,在政策的指引下进行有计划的发展。在区域发展建设过程中,随着进程的深入,就会遇到许多需要政府合作的相关问题,这就对各级政府提出了解决合作问题的要求。我国中央政府与地方政府联系密切,要求权力、资源开发和区域合作的管理符合经济社会发展的最终目标,因此,创新我国政府间的合作治理机制对我国政府的高效执政有着积极意义。论文以合作收益理论、囚徒困境理论、府际关系理论等基础理论为研究基础,借鉴国内外学者的学术研究成果,同时结合我国的区域治理实践和国外政府间合作治理关系构建的经验,对我国中央政府与地方政府合作治理关系存在的问题进行深入剖析,挖掘问题背后的深层原因,进而提出一系列针对我国区域治理实践活动的路径选择。其中,主要包括强化共同治理理念,逐渐形成政府间合作共赢的思维;合理界定中央政府与地方政府的行政体系职能,明确分工,密切配合,促进更加和谐的央地行政关系的建立;构建合作治理的激励机制、利益分享和补偿机制、监督约束机制、多中心合作治理机制等,从而促进更加合理有效的政府官员政绩考核系统的构建、区域间的利益的合理分享、合作治理的规章制度的法律化以及多中心治理网络的建设等。通过上述相关措施的开展和推进,从思想意识、法律规范、制度构建到运行机制等多个方面促进我国中央政府与地方政府良好合作治理关系的建立。