中国水仙（Narcissus tazetta L.var. chinensis Roem）为三倍体植物，基因组约为15G~22.5G，只开花，不结种子，不能进行有性繁殖，因此主要依靠鳞茎栽培进行无性繁殖。也造成了中国水仙在中国虽然有上千年的栽培历史，却品种稀少，花色单调的现象。新品种的培育工作只能从千万个栽培植株中发现个别变异的个体，但是基因的微小突变形成的新的品种通过传统的分子标记很难区分。本研究首次构建了水仙部分BAC文库，并将文库应用于BAC末端测序；利用BAC末端测序得到的序列信息，自主开发了水仙逆转录酶保守区引物，首次分离了水仙反转录转座子逆转录酶基因序列；利用BAC末端测序得到的序列信息，开发了水仙反转录转座子IRAP、REMAP标记；运用开发的标记将供试的中国多花水仙品种区分鉴定出来。主要研究结果如下：1、水仙BAC文库构建的研究本试验探索了水仙高分子量DNA的提取条件，创立了水仙高分子量DNA的提取方法，得到高质量的高分子量DNA。优化了BAC文库的构建条件，创建了水仙BAC文库构建体系，构建了第一个水仙部分BAC文库。构建的水仙BAC文库包含69120个克隆，平均插入片段约87kb，未发现空载体，经Southern杂交试验证明没有细胞器DNA的污染，能适用于水仙反转录转座子的研究。2、水仙反转录转座子RT基因的研究基于构建的BAC文库，进行末端测序，根据得到的水仙反转录转座子序列信息，自主开发设计逆转录酶保守区简并引物，从中国‘漳州水仙’、‘南日岛水仙’和荷兰‘Ziva’、‘Tahiti’等4个水仙品种基因组中分离出了43条独立的反转录转座子RT基因序列。得到的序列与NCBI己上传的反转录转座子RT序列同源，这43条氨基酸序列同源性在64%~95%之间，其中19个RT序列具有连续读码框，很可能具有潜在的转录活性。基于这43条氨基酸序列，用MEGA5分析软件进行分析，得到了Neighbor-Jioning遗传进化树，将它们分为7组，Family4中的RT序列全部来自3倍体品种，聚为一类；Family5中只有2个，且全来自荷兰品种‘Tahiti’、‘Ziva’品种，单独聚为一类；Family2、Family3、Family5三组都不能翻译成氨基酸序列，没有转录活性；而Family7中的五条都可以完整的翻译，可能具有转录活性。3、水仙反转录转座子IRAP和REMAP标记的研究开发根据得到的反转录转座子3′-LTR序列，运用Primer5.0软件，开发了11条特异的IRAP正反向引物，将11条IRAP引物进行单引物PCR扩增，发现IRAP4、IRAP7、 IRAP8、 IRAP9、IRAP11等5条引物的多态性很好。引物运用GRAMENE Ssrtool设置3碱基重复，在3′-LTR序列开发设计16条SSR引物，与11条IRAP引物共有176个引物组合，随机选取引物对进行PCR扩增，具有很好的多态性。4、水仙反转录转座子IRAP和REMAP标记的应用随机选取部分RAPD、ISSR引物，结合开发的IRAP和REMAP标记引物，对中国漳州单瓣水仙‘金盏银台’、漳州复瓣水仙‘玉玲珑’和野生型‘南日岛水仙’、‘平潭水仙’以及新选育品种‘金三角’、‘云香水仙’等6个中国多花水仙品种进行PCR对比试验，发现RAPD和ISSR很难将‘金盏银台’、‘玉玲珑’、‘南日岛水仙’、‘平潭水仙’、‘金三角’5个品种区分开来，而IRAP和REMAP都可以很好的将中国水仙6个多花品种鉴别出来，形成自己特有的遗传图谱。