本研究应用SSR分子标记技术对玉米(Zeamays.L.)自交系和杂交种共计41份材料，进行了研究，建立了一套简便、快捷、准确可靠的分子技术鉴定体系，构建了玉米自交系和杂交种的SSR指纹图谱数据库，筛选出了一批在玉米自交系和杂交种上具有较高多态性的SSR引物。通过常规纯度鉴定实验和实践应用验证，利用该技术体系鉴定杂交玉米种子的纯度是可行的。主要研究结果如下： 1.探索出了适合玉米DNA提取，PCR扩增，PAGE电泳、银染检测的技术体系。 2.利用30对分别位于10对染色体上的引物对玉米材料进行了SSR分析。在35份自交系中共检测出299个等位基因变异，变幅4-19个，平均9.97个；多态性信息量为0.869-0.108，平均为0.593。 3.根据SSR指纹图谱，利用UPGMA法将供试系划分为5类：分别是Ⅰ，5033、黄C、478、488、改良478、9046、滑986、952433、7922、2433、248、318、黄糯478、黑糯478、C8605、65232、改良65、郑58-3、改良郑58、郑58、8112；Ⅱ，9041；Ⅲ，P138、598、178、137、Ex12、W71-2；Ⅳ，9010、340、郑22；Ⅴ，昌7-2、H21、Hn浅黄糯、Hn黑糯。划分结果与根据地理来源、种质系谱的分类结果基本一致。 4.从30对SSR引物中，按照其PIC值和染色体上的分布，选取10对核心引物，其带型稳定、清晰，构建了数字化的指纹，能够较好地区分35份自交系材料。 5.利用分子标记技术进行玉米杂交组合纯度鉴定是可行的。本研究对6个玉米杂交组合进行了SSR分析，从30对SSR引物中筛选到6对适合玉米杂交种的多态性好的引物，编号为Umc1002、Bnlg1112、Bnlg238、Umc1153、Phi072、Bnlg240，可分析6个供试玉米杂交种的纯度。 6.建立了较系统的纯度鉴定体系：种子催芽2-3d，CTAB法提取DNA，筛选的引物进行SSR分析，银染法检测指纹图谱，与标准图谱比较鉴定品种真实性和纯度。该体系可以应用于玉米种子质量鉴定中。